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挖掘与母鸡产蛋后期产蛋性能相关的分子标记 目 录 摘 要 i Abstract ii 缩略词表（Abbreviations ）iii 1 文献综述 1 1.1 鸡蛋的重要作用 1 1.2 蛋鸡的相关产蛋性状 1 1.3 蛋鸡的生产周期与持续产蛋性能 2 1.4 影响蛋鸡产蛋性能的相关因素 2 1.4.1 环境因素 2 1.4.2 营养因素 3 1.4.3 遗传因素 3 1.5 单核苷酸多态性和全基因组关联分析 5 1.6 研究的目的与意义 8 2 材料与方法 9 2.1 实验群体 9 2.2 实验材料及仪器设备 9 2.2.1 血样 9 2.2.2 主要仪器及设备 9 2.3 常用试剂及其配制 10 2.3.1 常规实验试剂 10 2.3.2 样品采集及DNA 提取试剂配制 10 2.3.3 常规电泳试剂配制 11 2.4 主要数据分析的软件和数据库 11 2.4.1 主要软件 11 2.4.2 主要数据库 12 2.5 实验方法 12 2.5.1 血液采集及全基因组DNA 样品制备 12 2.5.2 DNA 提取与稀释 12 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 2.5.3 测序样本准备及全基因组SNP 芯片分型13 2.5.4 数据质量控制13 2.5.5 全基因组关联分析14 2.5.6 候选位点筛选14 2.5.7 重要候选位点的群体验证15 3 结果19 3.1 样本DNA 的质量检测19 3.2 全基因组关联分析19 3.2.1 数据质量控制19 3.2.2 关联分析结果19 3.3 候选位点的进一步筛选20 3.3.1 候选区域基因功能注释与GO 富集20 3.3.2 候选区域基因互作分析23 3.3.3 与已经报道的与产蛋相关的QTL 或候选基因汇总5 3.4 重要候选位点的扩大群体验证23 4 讨论28 4.1 蛋鸡持续产蛋性状对生产的重要作用28 4.2 GWAS 基因定位的优越性与三种分析方法差异化分析29 4.3 候选区间的若干重要基因30 4.4 后续的一些实验30 5 结论31 6 本研究不足之处31 参考文献32 致 谢39 II 挖掘与母鸡产蛋后期产蛋性能相关的分子标记 摘 要 蛋鸡产蛋的持续性直接且深刻地关系到生产者的经营成本，因此母鸡产蛋后期 的产蛋能力（产蛋率），是一个非常重要的经济性状。本研究中课题组挑选了 192 只京红 1 号母鸡，进行了全基因组关联分析（GWAS ）。通过3 种不同统计模型的 比对分析，结果均显示，在母鸡的第一号染色体上可能存在多个与母鸡产蛋率性状 相关的位点。通过GWAS ，对5K 范围的候选区域基因进行了KEGG 通路富集和GO 富集，结果发现，孕酮介导的卵母细胞成熟通路 （progesterone-mediated oocyte maturation ）中的CDC16，CCNA1 和PGR （progesterone receptor ）等是首要的候选 基因。通过蛋白互作分析，发现：FOX