基因组学中的生物信息学基础.pptx

基因组学中的生物信息学基础提纲? 生物信息学的定义和基础? 生物信息学研究的趋势和前沿? 一些研究范例提纲? 生物信息学的定义和基础? 生物信息学研究的趋势和前沿? 一些研究范例生物学数据浪潮? 核酸? 单核苷酸多肽性? 基因表达谱? 质谱? 蛋白质-蛋白质相互作用? 其它数量+复杂性+整合度什么是生物信息学生物信息学（BIOINFORMATICS）是一门集数学，计算机科学和生物学的工具以及技术于一体的涵盖了生物信息的获取，处理，存储，分配，分析和阐述等各个方面以理解海量的生物学数据为目的的学科Understanding Our Genetic Inheritance.The US Human Genome Project: The FirstFive Years 1991-1995. NIH PublicationNo. 90-1590, April, 1995生物信息学的主要研究内容? 基因组序列拼接和比对, 基因组结构预测和注释? 非编码区分析, 非编码RNA分析? 蛋白质结构与功能分析? 分子进化和比较基因组学? 基因表达谱和基因调控网络分析? 蛋白质组学、翻译后修饰组、代谢组学数据分析? 药物小分子调控作用及其诱导的调控网络重构? 代谢网络分析、重构、动力学性质模拟? 全基因组关联分析, CNVs, aCGH, 表观基因组学? 生物学数据库、数据标准和可视化、高维数据整合? 新一代测序技术的关键实验设计和深度数据分析人类基因组计划人类基因组计划从1980 年提出设想，1995年开始实施到2000年6月26日宣布框架计划完成，其间历经20年，2001年2月12日 中、美、日、德、法、英等6国科学家联合公布了更加准确、清晰、完整的人类基因组图谱及初步分析结果。成为人类进行功能基因组学研究的巨大和宝贵的财富。基因组功能预测和注释分析? ORF识别(寻找编码蛋白产物的区域）? 非编码区各类元素的识别(搜寻调控单元)。? ORF功能预测1. 序列同源性分析，进化分析2. MOTIF和功能域搜索3. 直系同源簇分析，比较基因组分析4. 亚细胞定位的预测分析5. 基于Gene Ontology的蛋白质功能分类6. 蛋白质-蛋白质相互作用预测、代谢途径分析7. 结构与功能预测分析? 非序列水平ORF功能预测(EST，SAGE, DNA芯片)? 基因表达调控网络模拟分析。提纲? 生物信息学的定义和基础? 生物信息学研究的趋势和前沿? 一些研究范例Milestone of Genomics TechnologyAffy ILMN bothAffy launchesGene Expressionmicroarrayslaunched 100Kgenotyping arraysFirst microarraypublication - onArabidopsisThe SequencingShake up!!ILMN launchesgene expressionarraysABI commercializesfirst automated DNAsequencerILMNboughtSolexa;launchesGARoche GSFLXlaunchedHapmap projectlaunchedILMN HiSeq2000launched198119861989199119941998200020022003200520062007200820092010 In the coming futureHuman GenomeProject CeleraGenomicscompletes firstdraft genomeRise ofGenbankdatabasesfrom DNAHapmap 1stphase datareleasesequencingABISOLiD 1.0Launched!The 3rdGeneration3700 DNA Analyzer inHuman GenomeProject; DNARise ofGenome WideAssociationLow hanging fruit:sequencing goesindustrialcystic fibrosismutationidentifiedSOLiD 3.0: SequencingStudies (GWAS)100GB outof the box!launchedMilestone of Genomics TechnologyAffy ILMN bothAffy launchesGene Expressionmicroarralaunched 100KarraysFirst micrThe SequencingShake up!!1986年ABI生产出了