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白僵菌菌株的 ITS 序列鉴定
白僵菌属 Beauveria Vuill. 是全球分布的最常见的土壤虫 生真菌 [1] ,包含有球孢白僵菌 B. bassiana ( Bals.-Criv. ) Vuill. 和布氏白僵菌 B. brongniartii (Sacc. ) Petch 这两
种具有重要经济价值的种类。 前者是森林生态系统中最为常见的 一种昆虫病原真菌, 属世界性分布物种, 是害虫虫口自然调节的 重要因子和以菌治虫的重要生物防治材料 [2] 。因其具有致病性 强、寄主范围广、 对动物植物无害、 不污染环境及易培养的优点, 被认为是最具开发潜力和应用价值的虫生真菌之一 [3] 。
随着分子生物学技术的发展, 相关技术也开始广泛被应用于 昆虫病原真菌的分类和鉴定中。ITS (内转录间隔区Internal Transcribed Spacer )ITS 区域序列的测定是目前真菌分类研究 的一项重要技术手段, 对于鉴定白僵菌及研究真菌属内和属间遗 传关系具有重要作用 [4-8] 。 ITS 区指的是 5.8S rDNA、18S rDNA 和28S rDNA之间的转录间隔区,因其进化相对迅速而具多态性 与保守性,对此序列的检测有助于分析菌株的遗传关系适合较低 水平的系统学研究,真菌的 ITS 序列长度一般在 550-750bp (碱 基对)。 ITS 序列主要被用于对不同生物型、菌株、种、属的分 类鉴定,也可用于研究近或低级分类阶元的系统发育。
本文以研究室保存的 8 株白僵菌菌株为研究材料, 通过对其
ITS 序列的鉴定,明确菌株的遗传背景,找出不同菌株间的遗传 差异,为进一步的研究提供准确可靠的研究材料。
材料与方法
1.1 供试菌株
随机选取 8 株于本实验室保存的球孢白僵菌菌株进行实验。 其编号分别为 Bb01-Bb08。
1.2 培养基
液体SDY培养基:蛋白胨1.0%,酵母粉1.0%,葡萄糖4.0%, pH值7.0;PDA培养基:200g 土豆去皮沸水煮 20min,取汁,葡 萄糖 2.0%,琼脂粉 2.0%。
1.3球抱白僵菌的DNA提取
挑取少量原菌,于SDY液体培养基进行活化,在 26C、 180r/min的摇床中,震荡培养 3-5d。从中吸取100卩I菌液于 PDA培养基,涂布均匀,于 26C环境培养3-5d。
参照朱衡等[9]的方法提取菌体总 DNA以0.8%的琼脂糖凝 胶电泳检测DNA质量。
1.4 ITS 序列分析
选取真菌通用引物 ITS1 和 ITS4 进行本实验的 ITS 扩增反 应,由生工生物工程(上海) XX公司合成,弓I物序列为:ITS1:
5 -TCCGTAGGTGAACCTGCGG-ITS4:
5 -TCCTCCGCTTATTGATATGC-以提取的基因组 DNA为模板, 反应体系(25卩l )如下:1卩l DNA模板,12.5卩l 2 X PCRmix 上、下游引物各0.5卩l,用ddH2O补齐至25卩l - PCF反应条件:
94C预变性 3min;94 C变性 30sec, 55C退火 30sec, 72C延伸
1min, 35个循环;72 C最后延伸10 min;4 C保存。
扩增产物经 1%琼脂糖凝胶电泳检测后,送上海生工生物工
程XX公司测序。测序结果经DNAma软件进行多序列比对并建立 系统同源树。
结果与分析
实验结果
所提取DNA匀在加样孔附近呈现一致密亮带,基本无降解。
所提DNA较好,可以用于扩增反应。以提取的白僵菌菌株的 DNA
为模板,利用上下游引物进行扩增后,对其 PCF产物进行1%京
脂糖凝胶电泳,结果如图1示PCF条带与预期目的条带(600bp 左右)大小吻合。
图 1 ITS-PCF 凝胶电泳图
ITS 序列分析
利用DANMA的多序列比对,对8个供试菌株的ITS片段进 行比对拼接,经NCBI序列比对,证实这8个菌株都为球抱白僵 菌菌株。
根据聚类分析构建系统同源树(图 2)。结果表明 8 株球抱
白僵菌菌株的ITS序列同源性达到99%除BbO1、Bb08存在较 小差异,其他 6 株球抱白僵菌的 ITS 序列完全一致。
图 2 8 株菌株球抱白僵菌株 ITS 序列的系统同源树
讨论
一些球孢白僵菌菌株在形态、 生物学等方面非常相似, 如何 对这些菌株进行鉴定和区分, 是检疫实践中面临的首要问题。 随 着分子生物学技术的发展, 尤其是PCR技术的发展,在球抱白僵 菌的分子鉴定方面发挥着越来越重要的作用。 选择合适的靶序列 至关重要。
核糖体DNAITS区是核糖体DNA中介于18S和28S之间的转 录间隔区, 包括 ITS1 和 ITS2 两段序列, 它们在生物进化过程中 显示种的特征, 在种内具有高度保守性, 在不同种间又有不同程 度的变异,是最广泛
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