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该技术能够快速在目标基因组的染色体中确定特异 DNA 结合蛋白的准确结合位点， ChIP 芯片也可 以在一个基因组的任何感兴趣的区域内寻找染色体的结构改变。 一、 ChIP-Chip 的用途 （1 ）在基因组范围内确定基因转录因子的 DNA 结合位点和其他 DNA 结合蛋白或蛋白复合体的 DN A 结合位点。 （2 ）染色体活性状态的定量分析。 （3 ）组蛋白修饰的功能研究。通过用酰基化或甲基化的组蛋白的特异抗体和没有进行修饰的组蛋 白的特异抗体，可以确定与组蛋白修饰有关的结合模式的变化。 （4 ）聚合酶活性的定量分析。 （5 ）精炼生物信息方法，用功能数据来确定启动子的位置。 二、具体实验原理和实验步骤 染色质免疫沉淀芯片流程图 三、 GeneChip-TilingArray 技术简介 Affymetrix 公司于 2006 年 1 月 24 日宣布推出 GeneChip （R ）人类和鼠源嵌合芯片（ TilingA ，ray ）系列产品。该系列芯片研究范围大大超出已知编码蛋白序列，可以对整个人类和小鼠基因组进行系统的 研究。研究人员可以利用这一芯片对转录因子和其他蛋白结合结构域进行研究。最近，更有研究人员利用 Affymetrix 的嵌合芯片在过去认为是垃圾 DNA 的区域中间找到了许多以前从未发现过的转录活性区域。 嵌合芯片（ TilingArray ）是迄今为止分辨率最高的基因芯片类型，其探针设计几乎涵盖了目标 DNA 的全 部序列。迄今为止， Affymetrix 公司已经开发出了人、小鼠、酵母、线虫、拟南芥等模式生物的全基因组 Tiling 芯片，为全基因组规模上研究目的蛋白与核酸的相互作用提供了强有力的分析工具。 GeneChip-Tili ngArray 除了全基因组芯片外，还包括了专门应用于 ChIP— Chip 技术中的人启动子和小鼠启动子两款芯 片，探针设计覆盖了转录起始位点附近 10kb 的范围，可针对肿瘤相关的 1 300 个基因，覆盖范围更是增 加到了 12.5kb 。 1882 年，德国细胞学家弗莱明首次公开发表了细胞有丝分裂现象的观察结果，他的工作也被看作是 科学史上最重要的发现之一。除了对有丝分裂进行描绘以及命名之外，弗莱明还对这一过程中看似起关键 作用的物质 —— 染色质作了标记。 目前，它是生物学两个最热门领域 —— 基因组学和蛋白组学研究关注的焦点。但是，不同之处在于 ：弗莱明采用的是光学显微镜和装有少量苯胺染色的玻璃瓶对其进行研究，而最新的基因组阶段的染色质 研究采用的是尖端的技术 —— 染色质免疫沉淀作用测定法（ ChIP ）。 基因组学和蛋白组学都将把染色质作为研究对象，但两个领域采用的方法各异。在基因组学研究中 ，研究人员通常从一个蛋白质开始研究，采用 ChIP 去找出与基因组关联的蛋白质。而蛋白组学研究采用 的是反向方法，先用一个特殊的 DNA 序列作为寻找蛋白质的诱饵；然后用 ChIP 去证实：那些蛋白质就 是在体内与 DNA 序列相关联的蛋白质。 四、使用说明： 1. 样品超声处理条件的优化： A. 准备适量冰浴预冷的 PBS ，以及 100mM PMSF 。将 SDS Lysis Buffer 适当温浴，使其中的 S DS 充分溶解，并混匀。 B. 将细胞培养于 10cm 细胞培养皿中，细胞培养液的用量为 10 ml 。在预期发生目的蛋白和基因组 DNA 结合的时间点，直接在细胞培养液中加入适量甲醛，轻轻混匀，至最终浓度为 1% 。随即在 37 ℃孵 育 10 分钟，以交联目的蛋白和相应的基因组 DNA 。例如，对于常规的每个 10cm 细胞培养皿中加入 10 ml 细胞培养液的情况，需加入 270