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一 、 名 词 解 释 ( 3 1 个 ) 1. 生物信息学 : 广义： 应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程中信息的 存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、 药理过程中的各种生物信息，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。狭义： 应用 信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。 2. 二级数据库 ：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果， 是在一级数据库、实验数据 和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。 3. 多序列比对：研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功 能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 4. 系统发育分析： 是研究物种进化和系统分类的一种方法，其常用一种类似树状分支的 图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形称为系统发育树。 5. 直系同源：如果由于进化压力来维持特定模体的话，模体中的组成蛋白应该是进化保 守的并且在其他物种中具有直系同源性。 指的是不同物种之间的同源性， 例如蛋白质的同源性， DNA 序列的同源性。 （来自百度） 6. 旁系（并系）同源： 是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新 的与原来有关的功能。用来描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因。（来 自百度） 7. FASTA 序列格式：将一个 DNA 或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或 氨基酸字符串。 8. 开放阅读框（ ORF ）：是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子的 阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。（来自百度） 9. 结构域：大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区域，折叠 得较为紧密，各行其功能，称为结构域。 10. 空位罚分： 序列比对分析时为了反映核酸或氨基酸的插入或缺失等而插入空位并进行罚 分，以控制空位插入的合理性。 （来自百度） 11. 表达序列标签：通过从 cDNA 文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分 cDNA 的 3’ 或 5’端序列。 （来自文献） 12. Gene Ontology 协会： 13. HMM 隐马尔可夫模型：将核苷酸序列看成一个随机序列， DNA 序列的编码部分与非 编码部分在核苷酸的选用频率上对应着不同的 Markov 模型。 14. 一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整 理和注释 15. 序列一致性：指同源 DNA 顺序的同一碱基位置的相同的碱基成员 , 或者蛋白质的同一 氨基酸位置的相同的氨基酸成员 , 可用百分比表示。 16. 序列相似性：指同源蛋白质的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。 17. Blastn：是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列 作一对一地核酸序列比对。 （来自百度） 18. Blastp：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条 所查序列作一对一的序列比对。 （来自百度） 19. Blastx：是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸 序列会被翻译成可能的六条蛋白） ，再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 （来自百度） 20. Tblastn：是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX 相反，它是将库中的核酸序 列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 （来自百度） 21. Tb