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▍ 建物致用:合成生物学集众多优势于一身
合成生物:建物致知,建物致用
合成生物学广义上是指通过构建生物功能元件、装置和系统,对细胞或生命体进行遗传学设计、改造,使其拥有满足人类需求的生物功能,甚至创造新的生物系统。“建物致知、建物致用”是合成生物学的两大愿景,也就是通过建造生物体系而了解生命、通过创
造生物体系来服务人类。广义上的合成生物学研究可以划分为三个层面:一是利用已知功能的天然生物模块构建新型的代谢调控网络使其拥有特定的新功能;二是基因组 DNA 的从头合成以及生命体的重新构建;三是完整的生物系统以及全新的人造生命体的创建。
图 1:合成生物学广义概念
《CRISPR 技术在微生物合成生物学中的应用》(汪莲,王浩君,罗云孜)
合成生物学系多学科融合,展现出重大颠覆性。合成生物学是生物学、工程学、物理学、化学、计算机等学科交叉融合的产物,有望形成颠覆性生物技术创新,为破解人类社
会面临的资源与环境不足的重大挑战提供全新的解决方案。合成生物学的颠覆性表现在:一方面打破了非生命化学物质和生命物质之间的界限,“自下而上”地逐级构筑生命活动; 另一方面革新了当前生命科学的研究模式,从读取自然生命信息发展到改写人工生命信息,重塑碳基物质文明。
图 2:合成生物学学科融合性
《合成生物制造进展》(张媛媛,曾艳,王钦宏),
图 3:合成生物学颠覆性
《化学品绿色制造核心技术——合成生物学》(肖文海,王颖,元英进),
产业应用中的合成生物学多为狭义概念,即利用可再生的生物质资源为原料生产各种产品。具体而言,合成生物学通过构建高效的细胞工厂,利用淀粉、葡萄糖、纤维素等可
再生碳资源甚至 CO2 为原料生产氨基酸、有机酸、抗生素、维生素、微生物多糖、可再生 化学品、精细与医疗化学品等。我们所更加关注的合成生物学产业应用以微生物细胞工厂 为核心,建立“原料输入—菌株培育—发酵控制—提取纯化—产品输出”的工艺路线,从 而实现利用生物技术生产化学品的技术变革,并持续推进生物制造技术工艺的升级和迭代。
图 4:合成生物学狭义概念
华恒生物招股书
微生物细胞工厂是合成生物学产业应用的核心环节,经历了不同的历史阶段。20 世纪 90 年代之前,主要通过非理性诱变及筛选技术获得目标产物高产菌株,“以时间(人力)
换水平”。20 世纪 90 年代以来,代谢工程学科逐步创立,利用重组 DNA 技术对生物体中已知的代谢途径进行有目的的设计,构建具有特定功能的细胞工厂。但由于微生物代谢网络结构及其调控机制的复杂性,仍然需要耗费大量的时间和精力。当下,全基因组规模定制工程化细胞工厂实现创造性发展,通过将高通量技术在全基因组范围基因型空间的挖掘与改造相结合,有望获得生产效率更为高效、生产性能更加优越的下一代微生物细胞工厂。
图 5:微生物细胞工厂发展历程
《微生物细胞工厂的设计构建:从诱变育种到全基因组定制化创制》(袁姚梦,邢新会,张翀),
基于微生物细胞工厂的高效构建,众多生物基产品已成功实现产业化。理论上,所有的有机化学品理论上都可以通过合成生物制造来生产。目前,包括生物基丁二酸、长链二
元酸、乙醇、1,4-丁二醇、异丁醇、1,3-丙二醇、异丁烯、L-丙氨酸、戊二胺、青蒿素等在内的众多合成生物化学品已经成功实现产业化。随着合成生物学的进一步发展,以及与人工智能、大数据等新技术的融合加深,未来更多的生物基产品有望通过合成生物法生产,从而促进生物经济形成,更好地服务于人类社会的可持续发展。
表 1:代表性生物基产品
化学品 微生物 原料 公司
3-羟基丙酸??Perstorp大肠杆菌玉米糖BioAmber大肠杆菌
3-羟基丙酸
?
?
Perstorp
大肠杆菌
玉米糖
BioAmber
大肠杆菌
蔗糖
Myriant(现名 GCInnovationAmerica)
丁二酸
克鲁斯假丝酵母
?
?
酿酒酵母
淀粉、糖类
Reverdia
巴斯夫产琥珀酸菌
甘油、糖类
Succinity
长链二元酸
假丝酵母
玉米
凯赛生物、新日恒力
乙醇梭菌
CO
首钢朗泽
酿酒酵母
蔗糖、玉米糖、木质纤维素
?
运动发酵单胞菌
?
?
马克斯克鲁维酵母
?
?
1,4-丁二醇
大肠杆菌
糖类
Genomatica、DuPontTateLyle
1,3-丙二醇
大肠杆菌
糖类
DuPontTateLyle
乳酸
乳酸菌
玉米
金丹科技
酿酒酵母
糖类
Gevo
异丁醇
?
?
Butalco
?
?
Butamax
聚羟基链烷酸酯(PHA)
大肠杆菌
糖类
Metabolix(现名 Yeild10science)
法尼烯
酿酒酵母
?
Amyris
青蒿素(半合成)
酿酒酵母
?
Amyris
异丁烯
大肠杆菌
糖类
GlobalBioenergies
乙醇
化学品
微生
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