《基因组学》课程教学大纲.doc

《基因组学》课程教学大纲 一、课程基本信息 英文名称 Genomics 课程编号 180121060 课程类型 学科选修课 课程学分 2 学分/2学分 课程学时 32学时/32学时 适用专业 农学、园艺等 先修课程 遗传学、生物化学、分子生物学与基因工程 后修课程 课程负责人 课程团队 二、课程性质与定位 基因组学（genomics）是农学类各专业本科生的一门学科选修课程，是对基因组学的基本概念、基本原理、基础知识和对基因组学进行科学研究所必须掌握的技术方法进行较为系统全面介绍的一门科学。 三、课程目标 1.知识目标 通过本课程学习，使学生全面系统地学习基因组学的基本概念、基本原理、基因组作图、基因组测序及序列组装、功能基因组及基因组注释、比较基因组、植物基因组研究等内容，使学生对基因组学主要研究内容和研究技术及其发展动态有一个比较全面的认识和了解。 2.能力目标 通过本课程学习，使学生了解结构基因组学和功能基因组学的重要研究领域、热点问题与发展趋势，以及国内外研究现状与进展。从而开阔学生的视野，为开展相关研究打下坚实的基础。 3.素质目标 基因组学强调的是从基因组整体水平上来研究生物的生长与发育。通过对基因组学的学习，可以培养学生从全局的视角来看待问题、研究问题。培养学生对科学方法论有进一步的认识、通过观察现象探索分析事物本质及其规律的科学观认识。 四、主要内容和要求 第一章 基因组学导论 【目的要求】 1、掌握基因组学概念及主要研究内容与研究任务。 2、熟悉基因组学的分子基础。 3、了解基因组学发展历程、发展趋势及应用前景。 【讲授内容】 1、什么是基因组学及其相关的概念 2、生命科学发展的历史阶段 3、人类基因组计划及其意义 4、基因组学主要研究内容、目标与任务 5、基因组学发展现状与发展趋势 第二章 基因组作图 【目的要求】 1、掌握基因组遗传图谱和物理图谱的概念。 2、掌握基因组作图的原理与方法。 3、了解基因组作图技术在生物研究中的应用。 4、了解基因组作图技术与相关技术的新进展。 【讲授内容】 1、基因组遗传图谱 2、基因组物理图谱 3、人类基因组图谱 第三章 基因组测序与序列组装 【目的要求】 1. 掌握DNA测序技术的方法基本原理（第一代测序技术、高通量测序技术和第三代测序技术），比较各代测序技术的基本特点； 2. 熟悉全基因组测序的各种策略及其优缺点，掌握序列组装基本方法和常用生物信息学平台； 3. 了解高通量测序技术的应用。 【讲授内容】 1、测序基本原理与方法 2、各代测序技术的基本特点 3、序列组装基本方法 4、全基因组测序的各种策略及其优缺点 第四章 基因组注释与功能基因组 【目的要求】 1、掌握基因组功能注释的基本方法； 2、了解如何通过生物信息学手段搜寻基因、预测基因、注释基因。 3、掌握功能基因组研究策略与研究方法。 4、掌握转录组与蛋白组的相关概念、研究方法及高通量功能数据分析方法。 5、了解功能基因组学的研究动态。 【讲授内容】 1、基因组注释 2、功能基因组的概念 3、功能基因组的主要研究内容与任务 4、功能基因组研究策略与方法 5、转录组学 6、蛋白组学 第五章 比较基因组学 【目的要求】 1、掌握比较基因组概念、原理与方法； 2、了解比较基因组的研究内容与在生物学研究中的重要作用。 【讲授内容】 1、比较基因组学概念 2、比较基因组学原理 3、比较基因组学方法 4、比较基因组学在生物学研究中的重要作用及其发展趋势 第六章 植物基因组研究 【目的要求】 1. 掌握植物结构基因组与功能基因组研究的主要策略与方法。 2、熟悉植物基因组结构特点、植物基因组数据库。 3、了解植物基因组研究进展 【讲授内容】 1、植物基因组作图 2、植物基因组测序与基因组计划 3、植物基因组数据库 4、植物功能基因组 5、植物基因定位 6、植物基因组研究进展 五、学时分配建议表 理论教学内容 学时 第一章 基因组学导论 4 第二章 基因组作图 6 第三章 基因组测序与序列组装 6 第四章 基因组注释与功能基因组 6 第五章 比较基因组学 4 第六章 植物基因组研究 6 合计 32 六、实施建议 1、教学组织 以系统的理论知识学习为主，并以课堂讨论当前不断发展的基因组学新知识和新动态为辅助内容，在了解掌握基因组学基本知识的基础上，针对该学科的特点，要求学生能够进行简单的比较基因组学分析。同时注意培养分析思考问题的能力，能运用比较基因组学知识分析鉴定重要的功能基因，并在课堂上介绍当前一些领域的最新动态。课堂教学、课堂讨论、国内外发展动态介绍是基本学习方法。 2、教学评价 本课程主要利用多媒体进行课堂教学。本课程主要以考查为主，平时作业及考勤占30%，期末成绩占70%。 3、教学资源 （1）教材与参考书目： 杨金水编