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腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物多样性对比分析 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物多样性对比分析 1 1、材料与方法 2 2、结果与分析 2 3、讨论 4 4、结论 5 文2：猪肠病毒感染如何防治 5 1病原学 5 2流行病学 5 3临床症状 6 4疾病诊断 6 5疾病防治 7 参考文摘引言： 7 原创性声明（模板） 8 文章致谢（模板） 9 正文 腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物多样性对比分析 文1：腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物多样性对比分析 腹泻是仔猪常见的疾病之一。仔猪出生后，消化道发育不健全，功能不完善，容易发生腹泻。仔猪发生腹泻会给猪场带来巨大的经济损失。研究表明，仔猪出生时肠道处于无菌状态，通过母猪阴道、哺乳以及吞咽和呼吸，使环境中的微生物定植在肠道中。起初，仔猪肠道微生物主要由需氧菌和兼性厌氧菌组成，最后才完全转变成厌氧菌，这些厌氧菌是仔猪的最初肠道生态系统的主要菌群[1，2]。由于哺乳期摄入母乳，在没有外界因素干扰的情况下，仔猪肠道菌群比较稳定[3]，肠道生态系统会形成天然屏障，阻挡病原微生物的入侵和定植。如果天然屏障被攻破，可引起肠道内菌群失调，导致仔猪发生腹泻[4]。在该研究中，笔者采集了6份哺乳期腹泻仔猪和3份哺乳期健康仔猪的粪便样本，进行16SrDNAV3+V4区的检测，通过比较分析腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物的菌群，旨在揭示腹泻仔猪的肠道微生物特征，并为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供理论依据。 1、材料与方法 试验材料 该研究共采集6只腹泻仔猪样本（编号：DG1～6）和3只健康仔猪样本（编号：HG1～3）。取2g左右的新鲜粪便样品，带回实验室后，立即用OMEGA试剂盒进行TotalDNA的提取，提取后用1%的琼脂糖凝胶电泳进行DNA的选取，合格样品于-80℃保存备用。 试验方法及数据分析 首先，利用V3+V4区域的通用引物，对16SrDNA的V3+V4区域进行扩增。其次，使用IlluminaMiSeq进行2×300bp的双端测序。最后，利用Usearch10软件对有效序列进行OTUs聚类分析，生成OTUs表，然后进行多样性分析及物种分类学分析。、、STAMP以及进行数据分析。 2、结果与分析 腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物多样性分析 Alpha多样性反映了单个样品物种的多样性及丰富度。仔猪粪便微生物Alpha多样性指数结果如表1所示。由表1可知，腹泻组仔猪的肠道微生物物种多样性低于健康组，组间差异显著（P） 腹泻仔猪和健康仔猪肠道微生物物种分类学统计 该研究检测到的仔猪粪便微生物由1个界、10个门、19个纲、23个目、43个科、95个属、125个种组成。在门水平上，腹泻组由6个门的微生物组成（见图1），健康组由10个门的微生物组成（见图2）。腹泻组主要富集厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）的菌属，健康组主要富集拟杆菌门（Bacteroidetes）和互养菌门（Synergistetes）的菌属（见图3）。与健康组仔猪相比，在门水平上，腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P）增加，而厚壁菌门的相对丰度显著（P）下降。在属水平上，该研究检测到了95个属，腹泻组在属水平上相对丰度大于1%的属共有13个（见图4），健康组在属水平上相对丰度大于1%的属共有20个（见图5）。腹泻组中梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae＿unclassified的相对丰富显著（P）高于健康组，而大部分厚壁菌门菌属显著（P）低于健康组（见图6） 表1Alpha多样性指数统计结果 图1腹泻组仔猪门水平的肠道微生物组成 图2健康组仔猪门水平的肠道微生物组成 图3腹泻组和健康组仔猪粪便样本中门水平微生物的相对丰度 图5健康组仔猪属水平的肠道微生物组成 3、讨论 仔猪腹泻的发生和流行制约着养猪业的健康发展[5]。猪场环境因子的转变，容易引起仔猪肠道菌群紊乱，可能会引起腹泻或其他疾病，严重时会导致仔猪大量死亡，影响养猪业的经济效益[6，7] 该研究以哺乳期腹泻仔猪和健康仔猪粪便为样本，进行肠道微生物群落组成分析，结果表明，健康组优势菌群为厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的菌属，这与Kim等[8]和Chen等[9]的研究结果一致。与健康组相比，腹泻组梭杆菌门的相对丰度增加到30%左右，变形菌门的相对丰度也增加了2倍，厚壁菌门