SNP分型及其应用介绍.pptxVIP

SNP及其应用介绍PCR简介SNP及其检测方法目录CONTENTSSNP检测流程SNP应用01PCR简介PCR简介PCR（Polymerase Chain Reaction）：聚合酶链式反应，以DNA半保留复制机制为基础，发展出的体外酶促合成、扩增特定核酸片段的一种方法。细胞分裂DNA复制1、变性2、退火3、延伸PCR扩增PCR简介PCR扩增程序：PCR扩增主要组分：引物：前引物、后引物Taq酶dNTP：A、T、C、G模板DNA...前引物后引物02SNP及其检测方法SNP简介概念：单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms,SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。单个碱基变异：例如：G→A、C→T，插入/缺失（1）点突变： 5’-ATCGACGTACTGGTGGGTAGCTA-3’ 5’-ATCGACGTACTGGTAGGTAGCTA-3’（2）插入/缺失： 5’-ACCCGTAATAGTAGGTAGCTA-3’ 5’-ACCCGTAATAGTATGGTAGCTA-3’AG基因型CCCGA基因型TTTSNP检测方法1、TaqMan（探针法）荧光报告基团荧光淬灭基团荧光信号FAMHEXFAM/HEX基因型T:TC:CT:CTaqman法扩增程序：KASP法竞争性等位基因特异性PCR（Kompetitive Allele-Specific PCR，KASP）： 基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels (Insertions and Deletions，插入和缺失)。1、KASP体系的组成：KASP法KASP法03SNP检测流程基因分型体系配置数据分析基因分型体系配置上机实验数据分析核酸提取SNP检测流程3412核酸提取1、核酸提取：（1）提取方法：磁珠法（GE设备）、过柱法（GS设备，PU01设备）（2）提取步骤：前处理：破碎组织，破碎细胞，DNA释放裂解：DNA和蛋白质分开结合：促进DNA和磁珠或滤芯结合漂洗：洗去盐离子和蛋白质等杂质洗脱：将DNA从磁珠和滤芯上洗下来结合液磁珠法提取流程图：抽吸过柱法MakerMaker质量检测2、质量检测浓度和纯度检测：微量分光光度计，电泳要求：（1）DNA:OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230=2.0左右 （2）片段大小一般在20-50kb，单一条带体系配置3、体系配置（Matrix Arrayer/GS）试剂组分GM(微体系)GS（大体系）2X KASP Mix1μl5μl100 μM Primer 10.003μl0.015μl100 μM Primer 20.003μl0.015μl100 μM Primer Common0.008μl0.04μlddH2O/0.93μlDNA1μl4μlTotal2μl10μl探针、dNTPs、酶等引物样本DNAPCR扩增4、PCR扩增程序（Matrix Cycler/GS）序号步骤温度时间循环1预变性94℃10min12变性94℃20s10退火/延伸61℃(Drop-0.6℃ Per)45s3变性94℃20s40退火/延伸55℃20s数据分析SNP分型图：04SNP应用SNP应用领域法医学领域食品健康科学研究医疗健康农牧业分子标记辅助选择育种品种鉴定分子遗传图谱构建点突变和等位基因分析DNA甲基化分析转基因检测法医学鉴定基因病诊断易感性疾病检测传染病检测药物筛选用药指导食品安全质量检测抗病不抗病SNP应用-分子标记辅助选择 分子标记辅助选择：通过分析与目标基因紧密连锁的分子标记的基因型，对目标性状进行选择。1、表型抗性鉴定：菌种接种（菌种培养、接种、抗性鉴定）2、分子标记抗性鉴定：SNP品种1品种2品种3品种4SNP1 SNP2 SNP3品种1品种2品种3品种4A:AA:AA:AC:TC:TA:AA:CC:TA:GA:CT:TA:ASNP应用-品种鉴定 who is real？当品种间遗传相似度≤95%，则判定为“不同品种”；当品种间遗传相似度95%,判定为“近似品种或疑同品种”。对于疑同品种可进行田间种植进一步鉴定（DUS）。SNP应用-转基因检测 植物转基因：通过生物技术将外源基因（植物本身所不含有的基因）导入到受体植物中SNP应用-疾病风险评估阿兹海默病（Alzheimer’s disease，AD）：发生于老年、老年前期；认知功能障碍，行为损害；痴呆症状。APOErs429358rs7412患病风险基因型1T:TT:T低基因型2T:CT:C中基因型3C:CC:C高rs429358rs7412ABI开发的SNP分型技术DNA聚合酶的外切酶活性磁珠法：磁珠表面高分子材料的羧基修饰团吸附柱、滤芯：纯化柱是表面偶