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— — PAGE 1 — 血液4D-DIA蛋白组项目文章NC（IF 17.69）:PBC早期诊断和干预中的应用  血液4D-DIA蛋白组项目文章NC（IF 17.69）|西南医院柴进教授团队  原发性胆管炎(PBC)是一种慢性自身免疫性肝病,全世界每年有超过10万例PBC新确诊病例。病理上显示PBC最初破坏肝内小胆管中的胆道上皮细胞(BECs)，临床上表现为出现抗线粒体抗体(AMA)。之前的研究表明进行性体液和细胞免疫反应可破坏BECs，但是自身免疫反应破坏PBC患者肝脏中的小BECs的机制，及在PBC发病的早期阶段BECs的靶点目前尚不清楚。此外，之前的研究发现聚合免疫球蛋白受体（pIgR）可引起BEC的凋亡和胆道损伤，但是pIgR是否或如何参与PBC的发展和进展，尤其是在PBC发病的早期阶段也不清楚。  2023年2月9日，第三医大学第一附属医院(西南医院)消化内科兼胆汁淤积性肝病中心柴进教授团队在Nature Communications（IF 17.694）发表了题目为Unique DUOX2+ACE2+small cholangiocytes are pathogenic targets for primary biliary cholangitis的研究成果，该研究利用单细胞RNA测序、流式分选(FACS)等方法，在人和小鼠肝脏中鉴定了一种独特类型的DUOX2+ACE2+小胆管细胞。作者还通过血液蛋白质组学、qRCR等方法发现pIgR在DUOX2+ACE2+胆管细胞中高度表达。研究证实高表达pIgR抗原的DUOX2+ACE2+小胆管细胞是PBC的致病靶点。中科新生命为该研究提供血液4D-DIA蛋白质组学技术服务。 研究材料  对照组和PBC患者肝脏样本和血清样本、小鼠肝脏样本 技术路线  步骤1：PBC肝脏单细胞转录组图谱；  步骤2：独特DUOX2+ACE2+小胆管细胞的发现；  步骤3：DUOX2+ACE2+小胆管细胞在PBC中的功能及临床意义研究；  步骤4：寻找与DUOX2+ACE2+小胆管细胞损伤有关的免疫细胞；  步骤5：寻找与DUOX2+ACE2+小胆管细胞损伤有关的免疫细胞中关键蛋白。 研究内容  1. PBC肝脏单细胞转录组图谱  作者对4名对照组受试者（CTR）和5名PBC患者的肝脏进行了单细胞转录组测序分析（图1a），质控后共获得70,050个肝细胞。UMAP（统一流形逼近与投影）分析显示共鉴定到30个细胞群(图1b)，分为11种细胞类型(图1d)。细胞类型差异分析发现与对照组相比，PBC肝脏中内皮细胞、胆管细胞和间充质细胞的比例减少，而T细胞和浆细胞的比例增加（图1g-1h）。  图1 肝细胞的单细胞转录组图谱 2. 在人类和小鼠肝脏中发现独特的DUOX2+ACE2+小胆管细胞  由于PBC的特点是选择性破坏小BECs，作者进一步分析了胆管细胞。结果发现胆管细胞共分为8个簇(图2a-2b)，其中胆管细胞簇（3）仅在对照组中被检测到，而未在PBC肝脏中检测到（图2c-2d）。此外，胆管细胞簇（3）的双氧化酶2 (DUOX2)和血管紧张素转换酶2 (ACE2)呈现高表达的状态（在其他胆管细胞簇中表达非常低）（图2e-2f），这表明人类肝脏中有一个独特的胆管细胞亚群是PBC的潜在靶点。接下来，作者通过流式细胞分选、RNAscope、qPCR等方法证实肝细胞高表达CK19、DUOX2和ACE2，且高表达胆管细胞特异性标记物、高表达小胆管细胞的标记基因（图2g-2j），故作者将胆管细胞簇（3）定义为DUOX2+ACE2+胆管细胞。  图2 DUOX2+ACE2+小胆管细胞的鉴定 3. DUOX2+ACE2+小胆管细胞在PBC中的功能及临床意义研究  KEGG通路分析发现与其他胆管细胞簇相比，DUOX2+ACE2+小胆管细胞中胆汁分泌通路显著富集(图3a)。且肝脏切片RNAscope和多重IF分析显示，与对照组相比，PBC患者小胆管中DUOX2+ACE2+小胆管细胞的数量显著减少(图3b-e)。此外，DUOX2+ACE2+小胆管细胞数量的减少与PBC的严重程度显著相关（图3f）。另外，在AMA-M2阳性或AMA-M2阴性的PBC患者中，肝脏DUOX2+ACE2+小胆管细胞数量显著减少，但在阻塞性胆汁淤积症(OC)、继发性硬化性胆管炎(SSC)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)患者中则没有(图3g)。综上所述，PBC中肝脏DUOX2+ACE2+小胆管细胞数量显著减少与胆汁分泌障碍和PBC严重程度密切相关。  图3 DUOX2+ACE2+小胆管细胞数量的减少与胆汁分泌障碍和PBC严重程度显著相关 4. CD27+记忆B细胞和