动植物环状RNA研究进展与展望.docxVIP

? ? 动植物环状RNA研究进展与展望 ? ? 孙铭阳 李永光 徐世强 梅 瑜 顾 艳 周 芳 李静宇 王继华* (1.广东省农业科学院 作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室，广州 510640；2.东北农业大学 大豆生物学教育部重点实验室/农业农村部东北大豆生物学与遗传育种重点实验室,哈尔滨 150030) 环状RNA(Circular RNAs)是由前体mRNA经反向剪切(Back-splicing, BS)产生的具有组织表达特异性的单链共价闭环RNA分子。其参与基因转录或转录后水平的调控，普遍涉及生长发育、病理反应、激素诱导及胁迫应激等进程[1]。早在二十世纪七十年代末，学者便已发现环状RNA，但当时其被描述为类病毒的遗传物质[2]。直至1991年，Nigro等[3]报道，由抑癌候选基因“Deleted in colorectal cancer(DCC)”转录产生的前体mRNA在进行可变剪切(Alternative splicing, AS)时，可产生由外显子组成且定位于细胞质的环形转录本。这是证明环状RNA可由DNA转录的首篇报道。然而，因其无Poly(A)尾，环状RNA无法被借助Oligo dT完成反转录的传统高通量测序技术识别并与mRNA区别开来，导致其后续研究受限。RNase R是一类3’-5’特异性识别并降解线状RNA的外切酶。总RNA样品经RNase R处理后，可去除其中线性RNA的干扰，为环状RNA的测序提供可靠模板。最近，针对环状RNA的高通量测序技术及BS位点特异性识别工具(如circMarker)已成功研发并得到广泛应用[4]。环状RNA特异性注释软件(如CIRIquant)已发现真核生物体内大量存在的环状RNA[5-6]。 部分环状RNA可通过碱基互补配对结合miRNA并抑制其功能，称为miRNA海绵。因部分miRNA参与人类癌细胞的扩散和转移进程，所以miRNA海绵已成为临床研究热点[7]。此外，临床研究还发现一些可翻译多肽或充当蛋白支架的环状RNA，现已阐明它们在癌症发展过程中的作用[8-9]。除在转录后水平发挥功能外，环状RNA还可通过结合来源基因的DNA序列调控转录效率[10]。虽然植物领域有关环状RNA作用机理的研究还很少，但有学者在植物体内过量表达特定环状RNA后，发现转基因株系可抗逆境胁迫[11]。可见，动物和植物环状RNA均体现出它们的应用潜能。 生物标志物是科技应用的基础。环状RNA的结构稳定且表达于各类组织及细胞，具有生物标志物的特征。临床研究发现，其可作为诊疗癌症的候选生物标志物[12]。植物生物标志物是作物遗传改良的重要工具。Conn等[13]表明，拟南芥(Arabidopsisthaliana)的特定环状RNA可成为目标基因AS事件的候选生物标志物。但若要将某环状RNA确定为真正的生物标志物并应用于生产生活中，仍需广泛且准确的验证数据作为支撑。目前，围绕动植物环状RNA的分子机理研究已得到深入开展，为解析它们在生命进程中发挥的作用提供了大量实验线索和判定依据。但截至如今，相对于动物环状RNA系统性的研究，有关植物环状RNA的功能验证很少，且多数还停留在表型水平。若植物环状RNA的研究能够在借鉴动物研究经验的同时，根据自身特有或共有的性质制定合理的试验思路，将提高重大突破出现的可能性。鉴于此，本研究旨在对动植物环状RNA的生成机制、剪切识别位点、发挥功能、研究手段和应用潜力等方面进行异同点比较，以期为植物环状RNA研究提供参考。 1 环状RNA的分类 环状RNA主要来自基因区(少数位于基因间区)，无5’帽和3’尾的共价结构使其比线性RNA更加稳定，半衰期更长[14]。通常将覆盖基因区的环状RNA划分为三大类，即仅含外显子的环状RNA、仅含内含子的环状RNA及同时包含外显子和内含子的环状RNA。无论在动物还是植物体内，根据BS位点形成的位置，环状RNA共细化为10种类型(图1)：(1)外显子型(仅含外显子)；(2)外显子-内含子复合型；(3)内含子型(仅含内含子)；(4)内含子-外显子复合型；(5)非编码区型；(6)非编码区-外显子复合型；(7)非编码区-内含子复合型；(8)基因间区型；(9)基因间区-基因区复合型；及(10)跨基因型。 1.外显子型；2.外显子-内含子复合型；3.内含子型；4.内含子-外显子复合型；5.非编码区型；6.非编码区-外显子复合型；7.非编码区-内含子复合型；8.基因间区型；9.基因间区-基因区复合型；10.跨基因型1.Exon type; 2.Exon-intron type; 3.Intron type; 4.Intron-exon type; 5.Non-coding region type; 6.Non-coding regio