纳米孔测序技术在微生物基因组学研究中的应用.pdfVIP

·106·解放军预防医学杂志摇2021年1月第39卷第1期摇JPrevMedChinPLA摇January2021摇Vol.39No.1

纳米孔测序技术在微生物基因组学研究中的应用

王东帅,师丹阳,金敏*

(军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所,天津市环境与食品安全风险

监控技术重点实验室,天津,300050)

摇摇摘要:自然界里的微生物种类繁多,以往对微生物的研究大多集中在单一培养和定性分析方面,微生物基因组学从

对微生物完整的全基因核苷酸测序入手,研究微生物基因组组成,并进一步分析组内各基因的精确结构、相互关系及表

达调控,从而实现对微生物生物学功能的全面把握。传统测序方法读长短,后续数据分析和基因组拼接存在较大困难,

第三代测序技术又称单分子测序技术,因具有超长读长、直接测序、快速测序等优势,极大地推动了微生物基因组学的研

究。本文综述了纳米孔测序技术在微生物基因组学研究中的应用,并对其发展前景进行了展望。

摇摇关键词:摇微生物基因组学;摇纳米孔测序;摇技术应用

摇摇中图分类号:Q93摇摇文献标志码:A摇摇文章编号:1001-5248(2021)01-0106-04

摇摇自从17世纪Leeuwenhoek使用自制显微镜发高成本和低通量限制了其大规模应用。21世纪初,

也3页

现微生物以来,经过几个世纪的研究,已经发现了八以瑞士罗氏(Roche)的454、美国应用生物系统

大类几万种微生物。传统微生物研究方法以分离培也4页

(ABI)的SOLID和美国因美纳(Illumina)的Sol鄄

也1页也5页

养纯菌为主,但99%以上的原核微生物因培养技exa、Hiseq等测序仪器为代表的第二代测序技术

术有限而无法得到。20世纪90年代后期兴起的微(Next-GenerationSequencingTechnology,NGS)大幅

生物基因组学研究,从对微生物完整的全基因核苷压缩了测序成本和测序时间,使得基因测序成功进

酸测序入手,在分析基因结构的基础上,认识微生物入高通量测序时代。但是第二代测序技术存在着仪

的完整生物学功能。使用微生物基因组学研究方器昂贵、读长短(250-300bp)、PCR扩增易引入错配

法,将从本质上揭示和分析大量迄今未被认识的微碱基等缺点,无法满足人们对于全基因组测序的需

生物新的基因,以及它们所编码的具有新功能的蛋求。第三代测序技术以单分子测序为特点,完美解

白质和新的基因调控元件,从而进一步研究微生物决了上述问题,其代表有美国太平洋生物科学

相互之间、微生物与环境之间的关系。微生物基因(PacBio)的SMRT(Single-moleculeReal-timese鄄

组学提供了一种新的微生物研究方法,但传统的一、quencing)技术和英国牛津纳米孔(ONT)的Nano鄄

二代测序技术对微生物完整的全基因核苷酸测序方pore技术。相对于前两代测序技术,第三代测序技

面存在较多缺陷,第三代测序技术因其超长测序读术具有高效、高通量、长读长等特点,被认为是测序

长、直接测序、快速测序等特点,推动了微生物基因也6页

技术的发展方向,促进了微生物基因组学的研究

组学发展。