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2024遗传性视网膜变性外显子组测序的分子诊断率

遗传性视网膜变性是临床和遗传异质性疾病,其特征是视力逐渐恶化。

本研究旨在评估外显子组测序(ES)对未经选择的遗传性视网膜疾病患者队列的诊断率。本回顾性研究纳入了357例无亲缘关系的患者，其被诊断为视网膜疾病，并进行了临床ES。根据ACMG指南对ES变异进行过滤、优先排序和分类。个体临床诊断包括视杆视锥细胞营养不良(60%)、黄斑细胞营养不良(20%)、视锥视杆细胞营养不良(9%)、视锥细胞营养不良(4%)和其他表型(7%)。大多数病例(74%)为单人，6%为一家三口。24%的病例获得分子诊断。6%的病例检出两个致病性变异，相位无法确定，因此潜在分子诊断率约为30%。包括意义不明的变异(VUS)在内，57%的病例报告了潜

在有意义的发现。在确认分子诊断的病例中，EYS、ABCA4、USH2A、

KIZ、CERKL、DHDDS、PROM1、NR2E3、CNGB1、ABCC6、

PRPH2、RHO、PRPF31、PRPF8、SNRNP200、RP1、CHM、

RPGR变异在不止一个患者中发现。本研究结果支持临床ES在遗传

异质性视网膜疾病诊断中的效用。

研究背景

视网膜疾病是一类临床和遗传异质性疾病。目前，已描述了300多个基因可引起非综合征性或综合征性视网膜变性,并且数量还在增加。

分子诊断对于临床管理、预后评估很重要，更重要的是，遗传性视网

膜变性(IRD)的治疗前景(如基因疗法)越来越广阔，包括最近FDA

批准voretigeneneparvovec-rzyl(Luxturna)用于RPE65基因

特异性Leber先天性黑矇(LCA),其他几种IRD基因疗法相关临床试验正在进行中。在未来几年内，我们可能会看到基因特异性疗法和视网膜疾病治疗的快速扩展。鉴于此，确定视网膜营养不良患者分

子诊断的紧迫性对于个体化医疗、患者管理和预防视力丧失至关重要。

许多既往用于检测引起IRD的遗传变异的方法，如Sanger测序、聚合酶链式反应(PCR)或基于阵列的方法，依赖于对已知是疾病致病因素的少数基因(基因panel)或变异进行靶向测序。这些方法针对

特定基因/变异，通量和分子诊断率较低。随着基于二代测序(NGS)

的方法的出现，以高通量方式分析整个人类基因组中的数百万个变异成为可能。这彻底改变了疾病相关变异的检测，并迅速扩展了我们对人类疾病(包括IRD)分子原因的了解以及识别疾病特定分子原因的

能力。

鉴于视网膜疾病的高度异质性，基于NGS的方法(如靶向panel或外显子组测序(ES))是鉴定与该疾病表型相关的潜在分子变异的理想选择。ES靶向捕获或虚拟panel能够识别已知与视网膜疾病相关的

罕见特定基因变异。

目前，对于IRD,靶向panel和ES检测全球实验室都常规使用，每

种检测都有其优点和局限性。靶向panel通常具有更好的整体覆盖率，

但缺乏检测特定panel中未包含的基因变异的能力。ES的好处是可以同时分析基因组的几乎所有编码区。然而，ES仅限于较多基因的编码外显子和少数剪切位点碱基，无法检测通常包含于特定靶向panel的深度内含子变异。此外，捕获对于几个区域(包括感兴趣的基因)可能不是最佳的。尽管靶向panel和ES有各自的优点和局限性，但总体结果似乎相似，在大型队列研究中，通常在50%的病例中发现潜在有意义的分子发现。在这些研究中，基于靶向panel的检测被用于很大一部分患者或整个队列，导致相比ES对该方法略有偏倚。此外，在许多已发表的研究中，缺乏对用于确定阳性分子诊断的标准的描述，只有少数研究使用标准化变异分类指标或特定证据将这些变异分类为致病性或可能致病性，或确认所识别的变异只是在他们的检测

中鉴定出的罕见良性变异。

本研究分析了357例连续的视网膜疾病患者的临床实验室ES结果。这些患者就诊于哥伦比亚大学欧文医学中心(CUIMC)眼科诊所，并在CUIMC个体化基因组医学实验室进行了临床ES检测。基于美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)的变异解读指南，对在这些患

者中发现的变异进行了整理和解读。

研究结果

人口统计特征

本研究纳入了2012年至2018年在我们实验室检测的357例连

续的无亲缘关系的视网膜变性先证者。大多数ES样本作为单人提交

(73.6%,263/357)。包括父母双方的一家三口占6.2%(22/357),包括父母一方的二人占10.6%(38/3