分子生物学第二章：DNA结构.ppt

※嘌呤嘧啶的排列顺序对双螺旋结构（稳定性）的影响即－－氢键数目相同，但相邻碱基的堆积力不同从嘌呤到嘧啶方向的碱基堆积力作用显著地大于同样组成的嘧啶到嘌呤方向的碱基堆积作用Pyrimidine-PurineStepsHaveLittleBaseStacking5’3’3’5’CGAT5’CA3’3’GT5’Purine-PyrimidineStepsHaveExtensiveBaseStacking5’3’3’CATG5’5’AC3’3’TG5’?生物体内仅UAA为最有效的终止密码子因为：UAAAUU的Tm值是最低的一个，即使生理温度下也不稳定（3）大片段D.SDNA分子之间比较片段长短对Tm值的影响较小,与组成和排列相关（4）小于100bp的D.SDNA分子比较片段愈短，变性愈快，Tm值愈小（5）变性液中含有尿素，甲酰胺等尿素，甲酰胺与碱基间形成氢键改变碱基对间的氢键Tm值可降至40℃左右（6）盐浓度的影响(疏水作用增强，Tm增加)pH~12酮基→烯醇基pH~2-3NH2→NH2+(质子化)改变氢键的形成与结合力（7）极端pH条件的影响一切减弱氢键，碱基堆积力的因素均将使Tm值降低常用的变性方法☆热变性☆碱变性应用广泛，特别是用于变性动力学研究缺点：高温引起磷酸二酯键的断裂，得到长短不一的单链pH11.3时，全部氢键被淘汰无热变性的缺点，为制备单链DNA的首选方法◎保存单链DNA的条件保持pH大于11.3盐浓度低于0.01mol/LD.SDNAS.SDNADenaturation▲▼Renaturation复性过程依赖于单链分子间的随机碰撞(DependsonthecollisionofcomplementaryS.S.DNA)二、DNA分子的复性（annealorrenaturation）概念：变性DNA在适当条件下，两条彼此分开的链又可以重新地合成双螺旋结构的过程（退火）Twist36°?大、小沟的差异⊕大沟中碱基差异容易识别，往往是蛋白质因子结合特异DAN序列的位点⊕小沟相对体现的信息较少A:H-bondacceptorsD:H-bonddonorsH:non-polarhydrogensM:methylgroups二、影响双螺旋结构稳定性的因素l??????氢键(Hydrogenbond4~6kc/mol)消除DNA单链上磷酸基团间的静电斥力弱键,可加热解链氢键堆积,有序排列(线性,方向)?l??????磷酸酯键(phosphoesterbond80~90kc/mol)l?0.2mol/LNa+生理盐条件强键,需酶促解链*维持稳定性的因素l??碱基堆积力(非特异性结合力)☆范德华力（Vandewaalsforce）(1.7A°/嘌呤环与嘧啶环作用半径)(0.34nm/碱基对间距)3.4A°☆疏水作用力(Hydrophobicinteraction)不溶于水的非极性分子在水中相互联合,成串结合的趋势力.即熵值(Entrophy)ΔS上升-----热力学上的稳定态成为碱基间的部分堆积力(磷酸骨架,氨基,酮基周围水分子间的有序排列)非极性分子间（嘌呤和嘧啶碱基）的相互成串结合熵值上升(ΔSgoingup)l?磷酸基团间的静电斥力??碱基内能增加(温度),使