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计算机辅助药物设计课堂教学研究

摘要：计算机辅助药物设计是一门受到广泛关注的交叉学科，在药学、医学、生物学、化学等领域有着重要的应用。文章分析计算机辅助药物设计课程教学存在的主要问题，并结合课程特点和课程内容进行精心安排，提出有别于常规的教学方法和评价策略。

关键词：计算机辅助药物设计；教学改革；课程教学；内容编排

计算机辅助药物设计（Computer-aideddrugdesign，以下简称CADD）是药物化学的重要组成部分。作为化学和药学专业的核心课程，CADD课程的学习需要学生具备扎实的专业基础知识。另外，CADD课程的内容一般与生物大分子和有机小分子的三维结构有关，且众多原理有着大量的数学和物理公式。如何将CADD知识以一种容易理解的方式呈现给学生，是课程教学需要注意的问题。

一、CADD课程教学的特点和存在的问题

（一）CADD课程教学特点

CADD课程是随着计算机技术的发展而诞生的交叉学科，其内容繁杂。而药学相关专业的本科学生数理知识相对薄弱，计算机水平有限，这就使得学生在学习时入门困难。因此，成都大学的CADD课程安排在了研究生阶段，但是研究生中不乏跨专业的学生。因此，如何使研究生在时间有限的课程中熟悉CADD的基本思路与主要技术，并充分发挥CADD在药物研发各个领域中的广泛应用，成了部分院校药学专业CADD课程的主要目标。

药学专业知识与计算机的有机结合，教学内容既要满足实用性，又要符合药学专业的特点，还要有前沿性，满足CADD服务药学专业前沿研究的特点。笔者通过不断地教学反思，考虑到课程具有一定的难度，在教学方法方面也需要有一些創新。

（二）CADD课程教学存在的主要问题

首先，CADD课程教学内容涉及的范围比较广泛，学生一旦基础知识不牢固，就会出现前后脱节的现象，导致教学效果不佳。能否拥有良好的药学基础知识积累是开展CADD教学的首要难关，生物化学、药物化学、分子生物学、细胞生物学、病理学等就属于药学基础知识。其次，CADD课程基础理论和概念的知识点比较抽象化，学生如何掌握这些基础理论和概念难度较大。最后，在CADD课程教学中，教师在重视基础要求的同时，要格外重视科研前沿的发展方向，理论方法和教学软件也要不断更新。此外，由于CADD的研究主要依赖于计算机中各种软件的应用，所以在学习理论知识后，学生通过应用实例可以更好地理解CADD的研究内核。

二、精心组织教学内容

地方本科高校培养研究生的出发点是应用实践层面。就成都大学而言，药学专业研究生的计算机辅助药物设计课程教学共32学时，安排在研究生一年级下学期，而且为选修课。这就需要教师在有限的时间内分配好课时内容，精心组织教学内容，以达到教学目标。

（一）精选课程内容

针对课程内容和课程进度的安排，教材的选择至关重要。在教学后，笔者对学生的反馈进行总结，重新选择教材内容。其中，基础理论部分包括CADD的简介和原理、CADD在生物信息学中的应用、分子对接、虚拟筛选、计算机辅助ADME/T研究、计算机辅助先导化合物的发现六个专题。笔者精心安排了各个部分，部分研究方法糅合了基础药学知识，包括药物分析学、药理学、生物化学、计算化学等方面。笔者将研究方法和实例进行穿插授课，安排较为合理，能减轻学生听课的枯燥感。例如，笔者在同源模建的教学部分引入了实例“AbLpxC的同源模建”，给出了理论、模建细节、结构验证、模型精修等细节，如图1所示。

上机实践部分包括常用数据库和基础软件的使用、分子对接、同源建模、Gaussian软件优化小分子、结合自由能计算、药物靶点的构象分析六个专题。CADD是基于计算机的课程，相对丰富的上机实践能够让学生深刻认识CADD的知识。在成都大学CADD课程教学中，Gaussian软件优化小分子章节，引入了“Gaussian优化苯和硝基苯”实践环节，对比环上的电荷分布，揭示亲电取代反应的定位效应，学生反馈较好。如图2所示。

综上所述，CADD课程内容安排比较合理，包括药学专业的相关基础知识、计算机的应用，特别是Linux系统的操作与部分主流CADD软件的使用。通过这些内容的学习，学生能更好地掌握计算机辅助药物设计的基础知识，同时清楚认知生物大分子和有机小分子的结构。

（二）引入前沿知识

药学是一个综合性学科，药学专业知识内容比较繁杂。笔者与同课题组的教师会挑选一些近期发表的、反映本学科与CADD发展动态和前沿的科技文献作为课堂上的补充内容进行精讲。笔者所在课题组能够很好地完成计算化学方面的研究，也曾受邀在国际权威学术会议上进行学术报告，在《物理化学化学物理》《化学信息与建模杂志》等国内外知名刊物上发表过多篇论文。

笔者通过调研发现，在目前的新药研发过程中，研究人员通常会进行与靶点相关的研究。在这方面，CADD可以应用于其中，快速发现新的靶点并提高靶点