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全科医学的哲学方法是具有科学基础的整体论。与传统经验医学笼统的思辨的整体论方法不同，全科医学需要以现代医学的成果来解释发生病人身上的局部和整体变化。例如：它应用神经科学、免疫学和内分泌学的成果来解释心身相关现象；它应用一般系统论来解释人的生物机体和家庭、社区、社会与自然环境等不同层次系统之间的相互作用及功能变化，进而解释病患的具体生物、心理、社会因素之间的相互关系、平衡及失衡；它应用流行病学方法来判断和积累临床知识……从而使它的整体论方法完全建立在现代科学的基础之上。**
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