基因组学理论课 第四节 数据库与数据检索.ppt

（2）EMBL是一个非盈利的科研组织，由分布于德国、法国、英国和意大利的五个分支机构的共80多个从事分子生物学研究的科研团队组成。EMBL的核酸序列数据库始建于1980年，现由欧洲生物信息学研究所维护。查询检索可以通过互联网上的序列提取系统（SRS）服务完成。向EMBL核酸序列数据库提交序列可以通过基于Web的WEBIN工具，也可以用Sequin软件来完成。（3）DDBJ日本DNA数据库（DDBJ）由日本国家遗传学研究所（theNationalInstituteofGenetics，NIG）于1986年建立，也是一个全面的核酸序列数据库；可以使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析，也可以用Sequin软件向该数据库提交序列。1．文献检索PUBMED美国国立卫生研究所（NationalInstitutesofHealth，NIH）下属美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine，NLM）开发的网络检索系统建立在国立生物医学信息中心（NCBI）平台上。能够对上世纪五十年代至今的发表在MEDLINE和其他生命科学期刊上的超过1500万条引文进行访问，并可以链接到相关的出版商网络站点的文献全文和其他相关资源三常见数据库的数据检索用Limit限定检索的出版日期、物种、出版物类型、特定领域、语种、性别、年龄组、或子集等Advancedresearch用ResearchBuilder菜单选择子集用History菜单浏览以前的检索查询PubMed查询结果的显示选择框（Display）中有40种可选显示方式例：检索2008年1月到12月发表在Science杂志上的禽流感（Avianinfluenza）相关文献1）使用AdvancedResearch功能2）在Title/Abstract内查找，输入检索关键词“Avianinfluenza”；杂志为Science3）然后再启用Limit功能，将检索目标限定在2008年1月到12月4）结果显示发表在“Science”杂志上与Avianinfluenza高度相关的文献1篇PubMed查询结果的Abstract显示方式2．数据库检索－－核酸序列检索Entrez（http：///Entrez/）是基于网络的综合性生物信息数据库检索系统利用Entrez系统，用户可以检索：Genbank的核酸数据来自Genbank和其它数据库的蛋白质序列数据、基因组图谱数据;来自分子模型数据库（MMDB）的蛋白质三维结构数据由PubMed获得Medline的文献数据等。核酸序列检索1）在Entrez主页（http：///Entrez/）进入Nucleotide数据库，搜索目标数据库选择Nucleotide，用Advancedsearch检索用Entrez搜索引擎下载伤寒沙门氏菌（Salmonellatyphi）16SrRNA基因2）设置Organism为Salmonellatyphi，GeneName为16SrRNA，即检索条件为:“Salmonellatyphi[Organism]AND16SrRNA[GeneName]”，点击Search按钮3）点击显示结果的相应条目（如ACCESSION为Z47544的伤寒沙门氏菌16SrRNA基因），显示结果见图4）若将结果以FASTA格式保存，则在Display框选择FASTA，系统将自动显示该基因的FASTA格式5）然后在Download框中选择不同的文件类型保存第五节核酸数据分析核酸序列的基础分析序列比对一、核酸序列的基础分析主要有：分子质量、碱基组成、碱基分布；序列变换（反向序列、互补序列、互补反向序列）、限制性酶切分析（限制酶的所有信息，包括甲基化酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性）、克隆测序的分析（测序峰图的查看、核酸序列中载体的识别和去除、其他人工序列的分析和去除）等等。用于核酸序列的基础分析的软件非常多，比如Bioedit，Emboss，DnaStar等第四节数据库与数据检索一、重要生物信息中心简介1．分子生物信息数据库发展简史2．分子生物信息数据库分类3．核酸序列数据库4．蛋白质序列数据库5．疾病相关基因数据库1．分子生物信息数据库发展简史60年代初，Dr.MargaretOakleyDayhoff和她的同事们收集了所