骨科感染患者凝固酶阴性葡萄球菌的分子检测、基因特征与流行病学分析.pdfVIP

骨科感染患者凝固酶阴性葡萄球菌的分子检测与流行病学分析

摘要

研究目的

葡萄球菌在骨科感染患者中检出率高，并以金黄色葡萄球菌为主，而凝固酶阴

性葡萄球菌（CoagulaseNegativeStaphylococci，CoNS）在临床微生物检验

中通常作为污染而被忽视。近年来，凝固酶阴性葡萄球菌在感染性疾病中的重

要性已逐渐被卫生保健和临床研究所接受，但目前尚缺乏有效的检测方法对其

进行物种水平的精确区分。鉴于骨科感染的复杂性和严重性，准确及时的致病

原检测是临床诊断和治疗的关键。本课题以青岛市黄岛区中医医院骨伤科收治患

者为研究对象，通过建立CoNS的定量PCR检测方法以鉴别临床样本中的CoNS，

分析其与宿主感染的相关性，进一步探究CoNS感染相关的风险因素和临床指征，

并通过基因组序列分析探究CoNS潜在的致病机制，从而为临床的诊断和治疗提供

可靠的分子检测手段和病原学参考依据。

研究方法

本研究纳入自2020年11月21日至2023年11月04日期间合作医院骨伤科收

治的400例住院患者，以临床感染症状将患者分为感染组（A组）和非感染组（B

组）。研发建立以16SrRNA为靶标的葡萄球菌属特异性的实时荧光定量聚合酶链

式反应（quantitativepolymerasechainreaction，qPCR）方法和两组用于检测区分6

种CoNS的三重qPCR方法，对采集的临床样本进行葡萄球菌属的检测和CoNS的

鉴别，即表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、模仿葡萄球菌、人葡萄球菌、头状葡萄球

菌以及山羊葡萄球菌。结合患者的人口学资料和临床检验数据，定量分析CoNS与

感染之间的相关性，预测CoNS感染的风险因素。对临床样本中分离得到的表皮葡

萄球菌、溶血葡萄球菌进行全基因组测序（Wholegenomesequencing，WGS），并

使用生物信息学方法进行系统发育分析、毒力因子和耐药基因预测。

结果

1.qPCR方法的建立及参数验证：葡萄球菌属特异性的16SrRNAqPCR的扩增

效率范围为89.76%至99.26%，最低检测极限为每个qPCR反应体系中0.26至3.80

基因组DNA拷贝数，特异性为100%。CoNS三重qPCR的扩增效率为89.35%

至105.00%，最低检测极限为每个qPCR反应体系中0.42至3.00基因组拷贝数，

重复性和再现性分别为0.9%至3.1%和0.6至4.7%，特异性均为100%。

2.临床样本的检测结果：400份临床样本中共计检测到142份葡萄球菌阳性样

本（35.50%），其中51份鉴定为所检测6个不同物种的CoNS之一。CoNS的检出

率在感染组和非感染组间存在显著差异，并随细菌的载量增加而增大（Cq

（quantificationcycle）截断值33，OR2.25，95%CI（Confidenceinterval）：

1.21-4.21；Cq=25，OR=4.91，95%CI：1.02-23.59）。

3.CoNS感染患者临床特征：与葡萄球菌阴性患者相比，CoNS阳性患者

的住院时间（M，interquartilerange）明显延长，分别为18（11-35）天与

12（7-21）天（P0.001）。男性、开放伤和下肢是与CoNS感染相关的风

险因素。

4.表皮葡萄球菌基因组特征：发现尚未报道的ST型；带有多种毒力因子

和抗生素耐药基因，并存在异质性；耐药基因型和表型不完全一致，提示耐药

机制的复杂性。

结论

本研究建立了能够快速准确地检测临床样本中的葡萄球菌和六种临床相关的

CoNS的qPCR检测方法，并应用于CoNS与骨科感染相关性的定量分析，结果表

明，相较于传统的培养方法，qPCR检测方法灵敏度高，特异性强。随着CoNS载

量的增加，致感染风险升高。通过CoNS阳性和葡萄球菌阴性患者的比较进一步探

究了CoNS感染的临床特征和风险因素。CoNS基因组序列的多样性表明其在社区