桫椤转录组测序及生物信息学分析.pdfVIP

农业研究与应用2024,37(5/6：381-390

JournalofAgriculturalResearchandApplication

D01:10.20191/ki.2095-0764.2024.05.007

秒转录组测序及生物信息学分析

史云吏1，杨凯博1，李其锦1，和秋兰²，梁圣华²，陈健虹²，黄红宝²，黄耀恒2*

（南方电网调峰调频发电有限公司工程建设管理分公司，广东广州510510；2广西壮族自治区林业科学

研究院/广西特色经济林培育与利用重点实验室/广西林业实验室，广西南宁530002）

摘要：【目的】秒是一种古老的蕨类植物，具有重要的生态和经济价值。本研究通过转

录组测序揭示秒锣的基因表达特征，为秒的分子育种和功能研究提供理论基础。【方法】本

研究通过高通量转录组测序和生物信息学技术获得移unigenes序列，通过数据清洗与质量

控制后，利用Trinity进行组装，并与NR、KOG、SwissProt、GO和KEGG五大数据库进行

比对注释。同时，通过SSR分析筛选潜在的分子标记位点。【结果】转录组测序共获

rawreads，通过过滤得cleanreads，占rawreads的94%，

Q30碱基分布高达96.65%，GC含量为47.35%。去允余后得到35359条unigenes，总长41

138988bp。最长的unigenes为15891bp，N50长度为1555bp。与多个数据库进行比对，注

释到NR数据库的unigenes最多（26213条，74.13%），与铁线蕨同源性最高；在KOG、

SwissProt、GO和KEGG数据库中分别注释到17166（48.55%）、18208（51.49%）、12247

（34.64%）、9063（25.63%）条。在所有数据库中均注释到5341条unigenes，约占15.11%。

另外，SSR特征分析中共检测到8996个位点。其中，单核苷酸重复类型为1346条，占比约

14.96%，其中以A/T重复最为丰富；双核苷酸重复类型中以AG/CT最多（3405条），占比约

37.85%，是双核苷酸重复中最主要的类型；三核苷酸重复中类型最多，以AAG/CTT（526条）

和AGC/CTG（478条）为主。【结论】本研究通过转录组测序和生物信息学分析，揭示了秒的

基因功能和代谢网络，为今后进一步挖掘其功能基因、遗传多样性、分子标记奠定了基础。

关键词：秒；转录组；生物信息学；基因注释；SSR

中图分类号：S184文献标志码：A

TranscriptomeSequencingandBioinformatics

AnalysisofAlsophilaspinulosa

SHIYunLi,YANGKaiBo,LIQiJin,HEQiuLan,LIANGShengHua,CHENJianHong’,

2*

HUANGHongBao’,HUANGYaoHeng?

(EngineeringConstructionManagementBranchoftheChinaSouthernPowerGridPeakandFrequencyModulation

PowerGenerationCo.,Ltd.,Guangzhou,Guangdong510510,China;2GuangxiKeyLaboratoryofSpecialNon-

WoodForestCultivationUtilization,GuangxiLaboratoryofForestry/GuangxiForestryResearchInstitute,Nan-

ning,Guangxi530002,China;)

【202