海岛棉叶绿素含量的全基因组关联分析及候选基因预测.pdfVIP

中国农业科学2025,58(10):1878-1895

ScientiaAgriculturaSinicadoi:10.3864/j.issn.0578-1752.2025.10.002

海岛棉叶绿素含量的全基因组关联分析及候选基

因预测

史顺宇，杨涛，庞博，李静，林轶峰，王正瑞，傅林成，扎尔加玛丽·阿不都别克，高文伟，吴鹏昊

新疆农业大学农学院/棉花教育部工程研究中心，乌鲁木齐830052

摘要：【目的】叶绿素作为植物光合作用的核心色素，直接影响植物的光合效率和产量，通过挖掘与海岛棉叶绿素相关的分

子标记和候选基因，为海岛棉品种改良提供理论依据。【方法】利用203个海岛棉品种作为研究对象，在4个环境下（2年

2点）分别测定海岛棉3个时期（蕾期、花期、铃期）的叶绿素含量，并对4个环境下的叶绿素含量进行相关性分析，将全

基因组重测序数据和叶绿素含量的最佳线性无偏预测值（BLUP）进行全基因组关联分析，筛选与叶绿素含量相关的候选基因。

【结果】对4个环境的叶绿素含量进行描述性统计，蕾期、花期和铃期叶绿素含量在不同年份和不同地点均呈正态分布，表

明该性状是受多基因控制的数量性状。叶绿素含量在不同生长时期存在显著差异，并受环境影响显著，蕾期叶绿素含量的相

关系数为0.021—0.287，花期为0.017—0.180，铃期为-0.118—0.212。经全基因组关联分析（GWAS）分析，共筛选出52

个显著SNP位点。其中，在蕾期、花期和铃期分别筛选到20、20和12个显著SNP位点，主要分布在A05、A06、D05、D06

和D10等染色体上，并注释到80个候选基因，其中，

GB_A05G0103、GB_A05G0104、GB_A05G0105、GB_A05G0106、GB_A05G0107、

GB_A05G0108、GB_A05G0109、GB_A05G0110、GB_A05G0111和GB_A05G0112等10个基因在typeⅠ（4个环境）的花期和type

Ⅱ（新疆北部2个环境）的花期均被注释到，

GB_A06G1512和GB_A06G1513在typeⅠ的花期和铃期、typeⅡ的花期均被注释

到，GB_D09G0836、GB_D09G0837和GB_D09G0838在typeⅠ的铃期和typeⅡ的花期均被注释到。通过相对表达量分析，鉴定

到9个与叶绿素含量相关的基因，其中，GB_A05G0097、GB_A05G0093和GB_D05G0109在叶绿素代谢、光合作用和植物抗逆

性中具有重要作用。【结论】海岛棉叶绿素含量在不同生长时期存在显著差异，并受环境影响显著，GWAS分析共检测到52

个与海岛棉叶绿素含量相关的位点，发现9个基因可作为海岛棉叶绿素的候选基因。

关键词：海岛棉；叶绿素；全基因组关联分析；蕾期；花期；铃期

Genome-WideAssociationAnalysisandPredictionofCandidate

GenesforChlorophyllContentinGossypiumbarbadense

SHIShunYu,YANGTao,PANGBo,LIJing,LINYiFeng,WANGZhengRui,FULinCheng,ABUDUBEKZalgamali,

GAOWenWei,WUPengHao

CollegeofAgronomy,XinjiangAgriculturalUniversity/CottonEngineeringResearchCenter,MinistryofEducation,Urumqi830052

Abstract:【Objective】Chlorophyll,asthecorepigmentofplantphotosynthesis,directlyaffectsthephotosyntheticefficiencyand

yieldofpla