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2025年工程设计与施工总承包合同税务处理方案

一、合同主体与纳税身份判定

1.设计-施工一体化模式下，发包人只与一家联合体签约，联合体内部再划分设计责任方与施工责任方。税务处理第一步是确认“谁是纳税人”。

2.若联合体在投标阶段已办理工商登记为“合伙企业”或“有限合伙企业”，则联合体本身构成增值税、企业所得税纳税人；若未新设主体，仅以协议方式联合，则设计、施工两方分别作为独立纳税人。

3.发包人支付的全部合同价款应拆分为“设计费”“施工费”“暂列金额”“总承包服务费”四类，分别适用不同税目。拆分原则以联合体提交的《价格分解表》为准，但须与《建设工程工程量清单计价规范》保持一致，避免被税务机关认定为“价格转移”。

4.设计费部分由具有工程设计资质的一方开具“工程设计服务”增值税发票，税目为“专业技术服务”，一般纳税人税率6%，小规模纳税人征收率3%。

5.施工费部分由具有施工资质的一方开具“建筑服务”增值税发票，税目为“建筑服务”，一般纳税人税率9%，简易计税方法下征收率3%。

6.总承包服务费实质为“管理费+利润+风险”，在增值税口径下属于“现代服务业—企业管理服务”，税率6%；若合同中未单独列示，则税务机关有权按施工费9%税率全额补征，企业应在签约阶段即单列明细。

7.暂列金额、暂估价不纳入增值税计税依据，但须在实际发生时补充签订《暂列金额确认单》，按对应税目开票；若最终未发生，则应向发包人开具红字发票冲减。

8.联合体成员之间再分包，设计方将部分专项设计（如幕墙、智能化）分包给专业设计院，施工方将桩基、防水、消防分包给专业分包单位，再分包环节应遵循“差额征税”规则：

8.1设计方取得的分包发票为“专业技术服务”，可凭增值税专用发票抵扣进项；

8.2施工方取得的分包发票为“建筑服务”，可凭增值税专用发票抵扣进项；

8.3总包方向发包人开票时，可扣除分包款后按差额计算增值税，但须在发票备注栏注明“差额征税项目代码”及分包单位名称、纳税人识别号。

9.境外设计企业参与联合体时，其境内所得部分应按规定缴纳增值税、企业所得税；若境外企业仅在境外完成方案设计，未构成境内常设机构，则其所得不属于中国企业所得税征税范围，但发包人支付境外设计费须代扣代缴增值税（税率6%）与附加税费，并办理服务贸易对外支付税务备案。

10.农民工工资专用账户资金由发包人直接拨付至监管账户，不经过总包方基本账户，故不属于总包方收入，不征收增值税、企业所得税；但总包方应留存《工资专户拨付凭证》备查，避免被认定为“价外费用”。

二、增值税全流程管控

1.项目立项后30日内，联合体应共同到项目所在地税务局办理《跨区域涉税事项报告》，选择“一般计税”或“简易计税”方法，一经选择，36个月内不得变更。

2.简易计税适用条件：

2.1施工部分为甲供工程、清包工或老项目（合同开工日期在2016年4月30日前）；

2.2设计部分不得享受简易计税，必须按一般计税6%税率。

3.一般计税下，进项税额管理实行“四流合一”：合同流、发票流、资金流、物流（工程进度节点）须一致。

3.1合同流：联合体与分包方签订的分包合同须备案；

3.2发票流：分包方开具的增值税专用发票须在开票之日起360日内认证；

3.3资金流：总包方支付分包款须通过银行转账，禁止大额现金；

3.4物流：以监理签字的《工程进度审核表》作为“物流”依据，与发票数量、金额匹配。

4.甲供材料税务处理：

4.1发包人自行采购钢材、混凝土并调拨给施工方，施工方对甲供材不负有采购义务，因此甲供材价款不纳入施工方增值税计税依据；

4.2施工方在确认收入时，应剔除甲供材金额，采用“净额法”确认收入；

4.3若发包人要求施工方对甲供材部分开具发票，则构成“虚开”，双方风险等级为“高风险”。

5.设备与材料划分：

5.1依据《财政部国家税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》，自2022年起，施工企业购入的“永久性设备”如电梯、空调主机、光伏组件，其进项税额可一次性抵扣；

5.2构成不动产的材料（如幕墙铝型材、钢结构）须随建筑服务一并按9%税率开票，不得按13%税率开具“货物销售”发票。

6.增值税纳税义务发生时间：

6.1设计费：以“交付成果文件且取得收款权利”当天为纳税义务发生时间；

6.2施工费：以“监理签发工程进度款证书”当天为纳税义务发生时间；

6.3质保金：以“质保期满且发包人书面同意支付”当天为纳税义务