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生命科学深度学习考博模拟题汇编

前言

随着深度学习技术的迅猛发展，其在生命科学领域的应用已从初步探索迈向深度融合，极大地推动了基因组学、蛋白质组学、结构生物学、医学影像、药物研发等多个分支的突破。在博士研究生招生考试中，对候选人在深度学习理论基础、生命科学领域特定问题建模能力以及跨学科创新思维的考察日益凸显。本模拟题汇编旨在帮助备考者熟悉相关考点，检验知识掌握程度，提升综合运用能力。题目设计力求覆盖基础理论、经典应用与前沿动态，注重理论联系实际及问题解决能力的考察。

一、基础理论与方法(共3题)

1.简答题

请简述卷积神经网络（CNN）的核心原理及其在处理生命科学图像数据时的优势。相较于传统计算机视觉任务，生命科学图像（如荧光显微镜图像、病理切片）通常具有哪些特点，这些特点对CNN模型的设计与应用提出了哪些特殊要求？

2.论述题

深度学习模型常面临过拟合问题。请详细阐述过拟合产生的主要原因，并列举至少三种常用的缓解过拟合的方法。在生命科学研究中，由于数据获取成本高、样本量有限等特点，过拟合问题尤为突出。针对这一现状，除了上述通用方法外，结合生命科学数据的特性（如存在大量未标注数据、领域知识丰富等），你认为还有哪些策略可以有效提升模型的泛化能力？请举例说明。

3.分析题

循环神经网络（RNN）及其变体（如LSTM、GRU）在处理序列数据方面具有独特优势。请以基因组序列或蛋白质序列分析为例，说明RNN/LSTM/GRU模型是如何捕捉序列中的长距离依赖关系的。与Transformer模型相比，RNN类模型在处理超长生物序列时存在哪些局限性？近年来，Transformer模型在生命科学序列分析中取得了显著成功（如AlphaFold系列），请分析其关键机制。

二、基因组学与表观基因组学应用(共2题)

4.应用题

在基因组学研究中，如何利用深度学习模型识别DNA序列中的转录因子结合位点（TFBS）？请描述一种典型的模型架构（可结合CNN、RNN或其变体），并分析其相较于传统基于位置权重矩阵（PWM）方法的优势与潜在挑战。若你手头有一批ChIP-seq数据，你将如何设计实验流程来训练和评估这样一个深度学习模型？

5.开放题

表观遗传修饰（如DNA甲基化、组蛋白修饰）的动态调控在细胞命运决定和疾病发生中扮演关键角色。高通量测序技术产生了海量的表观基因组数据。请你提出一个基于深度学习的研究方案，用于整合多维度表观遗传数据，以揭示细胞分化过程中基因表达调控的潜在机制，并探讨其在复杂疾病（如癌症）预后预测中的应用前景。

三、蛋白质结构与功能预测(共2题)

6.简答题

蛋白质结构预测是结构生物学的核心难题之一。AlphaFold2的出现被认为是该领域的革命性突破。请简要概述AlphaFold2所采用的核心深度学习策略（如Evoformer、结构模块等）及其主要创新点。除了氨基酸序列信息外，AlphaFold2还利用了哪些关键数据来提升预测精度？

7.分析与设计题

蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）是细胞内各种生命活动的基础。传统实验方法鉴定PPI耗时费力。请分析现有基于深度学习预测PPI的主要方法及其依赖的数据类型（如序列、结构、表达谱等）。假设你需要设计一个模型来预测给定蛋白质对之间是否存在相互作用，并进一步预测其相互作用界面的关键残基，你会选择哪些输入特征，采用何种模型架构，并说明理由。

四、医学影像与疾病诊断(共2题)

8.论述题

深度学习在医学影像分析（如CT、MRI、病理图像）中已展现出巨大潜力，例如在肿瘤检测、病灶分割、疾病分级等方面。请详细论述深度学习模型在医学影像诊断中面临的主要挑战（如数据标注、类别不平衡、模型可解释性、泛化能力等），并结合具体例子探讨可能的解决方案。

9.案例分析题

某研究团队开发了一个基于深度学习的模型，声称其在肺结节良恶性诊断的准确率上超过了资深放射科医生。该模型在其内部数据集上表现优异，但在推广到其他医院时性能显著下降。请分析可能导致模型泛化能力不足的原因有哪些？为了验证该模型的实际临床价值，你认为需要进行哪些方面的评估和验证工作？

五、药物发现与设计(共2题)

10.简答题

药物分子的性质预测（如活性、毒性、溶解度）是药物发现的关键步骤。请简述基于深度学习的分子性质预测常用的分子表征方法（如SMILES、分子图、指纹等）及其优缺点。图神经网络（GNN）在处理分子数据时具有哪些独特优势？

11.开放设计题

基于片段的药物设计（FBDD）是发现新型药物先导化合物的有效策略。请你构思一个结合深度学习的FBDD研究框架，该框架应至少包含片段库的虚拟筛选、片段的生长/连接以及先导化合物的优化等关键环节。请说明每个环节中深度学习模型的作用、输入输出以及你期望解决的核心科学问题。