一种基于液相色谱质谱技术进行血清代谢组学研究的方法从.pdfVIP

中国科学 B 辑 :化学 2009 年 第 39 卷 第 10 期 : 1268 ~ 1276 SCIENCE IN CHINA PRESS 一种基于液相色谱-质谱技术进行血清代谢组学 研究的方法: 从代谢指纹到潜在标志物 ① ① ② ① ① ① ① ② 陈静 单圆鸿 严沁 赵素敏 尹沛源 赵欣捷 路鑫 席晓薇 万小平② 许国旺①* ① 中国科学院大连化学物理研究所, 中国科学院分离分析重点实验室, 大连 116023 ② 上海交通大学附属第一人民医院妇产科, 上海 200080 * 通讯作者, E-mail: mailto:xugw@ 收稿日期: 2009-07-14; 接受日期: 2009-08-20 摘要 本文描述了一种基于液相色谱-质谱技术(LC-MS) 的代谢组学发现疾病潜在标志物的 关键词 方法. 该方法利用LC-MS 获得代谢指纹图谱, 并通过多种统计分析方法对产生的海量数据进 代谢组学 行分析, 最终筛选出潜在标志物. 数据分析过程包括: 通过归一化、修正80%规则、数据集分 液质联用 割和数据缩放等方法对数据集进行预处理; 通过正交校正的偏最小二乘(OPLS)模式识别方法 宫颈癌 肿瘤标志物 对样品进行分型; 根据模型的变量重要性因子( VIP值) 、非参数检验结果和z 值筛选潜在标志物. 以宫颈癌血清样本为例, 应用上述方法, 15 个变量被确认为潜在标志物, 操作者接受曲线 (ROC)下的面积为0.667~0.956. 经过相关性分析和结构鉴定, 发现这15个变量来自9 个化合物. : : : : 其中7 个化合物被鉴定为色氨酸、硬脂酸、花生四烯酸、溶血磷脂酰胆碱(0 0/16 0, 16 0/0 0, : : : : 18 1/0 0 和18 0/0 0), 说明在宫颈癌中花生四烯酸和溶血磷脂酰胆碱的代谢发生异常. 1 引言 相色谱-质谱联用(HPLC+HPLC-MS)[14]、全二维气相 色谱-质谱联用(GC×GC-MS)[15,16]等, 其中最常用的 代谢组学是通过考察生物体系受刺激或扰动后 是RPLC-MS[4~7,9,17,18]和GC-MS[7,9,12] . 其代谢产物的变化, 揭示机体生命代谢活动的本质 从代谢组学分析产生的海量数据中发现潜在标 的科学[1,2]. 与基因组和蛋白质组学不同, 代谢组学的 志物, 需要借助多变量模式识别方法. 无师监督的模 研究对象是分子质量小于1000的所有内源性代谢物. 式识别方法包括主成分分析(PCA)[19] 、聚类分析 据估计, 人体中各类内源性小分子代谢物成千 (HCE)[20] 等; 有师监督的方法包括判别分析(DA)[21] 、 [3] 上万 . 体液中各种代谢物的浓度范围和物理化学性 偏最小二乘分析(PLS)[19] 、偏最小二乘判别分析 质差异很大, 目前没有一种分析技术能对体液中所 (PLS-DA)[19], 正交校正的偏最小二乘分析(OPLS)[19,22] 有的代谢物进行分析. NMR、质谱与多种分离手段联