DNA重组技术中有关碱基对之间氢键断裂的知识问题.pdfVIP

· 62· 生物学教学2013年(第38卷)第1期 DNA重组技术中有关碱基对之间氢键断裂的知识问题 吴建华 阚秀芝 (吉林省乾安县第七中学 131400) 摘 要 本文从限制性核酸内切酶的作用、维持DNA双螺旋稳定结构的三种作用力、DNA中氢键的化学本质等方面来探讨了在 体外DNA重组中，双链DNA酶切位点处核苷链上碱基对之间氢键断裂的原因。 关键词 DNA 磷酸二酯键 酶切作用 氢键断裂 I “模拟实验”引出的问题 解为静电吸引能、极化能、交换互斥能和电荷转移能 在高中生物学选修教材 《现代生物科技专题》的 等，几种能量产生的作用有所不同，有吸引也有排斥。 基因工程专题中，安排了一个 “重组 DNA分子的模拟 其中，电荷转移能可产生分子间的离域作用，但以静电 操作”模拟实验。在模拟操作中发现，用代表限制酶 相互作用为主。 (EcoRI)的剪刀，剪断字条上的碱基识别序列 “GA”和 3．2 键长 氢键的键长 (供体与受体间距离x—H… “AG”之间的磷酸二酯键后 ，为了获取这段 “目的基 Y中从 x至Y的距离)一般在2～5A之间，通常两倍 因”，必须将代表碱基对之间的 “氢键”剪断，才能产生 于普通共价键键长。键长超长性可以增大DNA分子 黏性末端。 内弱相互作用的面积。 有关氢键断裂的问题，有人认为：在模拟实验中， 3．3 键角 氢键是具有方向性的特殊的键，最有效的 “剪刀”除了模拟剪切磷酸二酯键外，还剪切了DNA双 作用角度为直线形。一般氢键 的键长越短，所成角度 链碱基间的氢键 ，但理论上此处的氢键本不是限制酶 越接近于直线，则氢键的强度越大；氢‘键越长 ，偏离直 剪切的… 。也有的学生认为，在获取一段 DNA作为 线的角度越大，氢键的强度越弱。 目的基因时，由于这段 DNA的两端被限制酶切断后 ， 3．4 弱点 DNA分子中的氢键在高温和强酸或强碱 具有双螺旋结构的DNA将会 “松动”，是外力将氢键拉 等理化因素作用下，容易断裂。DNA的变性就是这个 断的。那么，在体外 DNA重组技术的实际操作中，像 道理。 这种 I限制酶对 DNA双链的错位切割后，在酶切 4 DNA碱基对间结合能与几何结构的关系 位点处碱基对间的氢键是怎样断裂的呢?是限制酶切 核酸中的碱基对受到溶剂、离子、糖链骨架 的影 割开的吗?还是另有什么酶的作用?或是其他什么作 响，有的碱基对可能偏离平衡位置。不是按照最优化 用呢? 结构存在，表现出碱基间距离增大，碱基对偏离平面等 2 实证研究。没有专门的酶切割氢键 多变性 [。 在体外DNA重组技术的实际操作中，例如 “体外 对于每个平面碱基对，能量最低点位置约在0。。 建成带有 噬菌体 DNA片段的重组质粒”L2J实验中， 当角度增加时，稳定化能逐渐降低，最终趋向排斥特 除 了 pBR322DNA、kDNA、含有 DTF、ATP、MgCI’、 征 。 NaCl、Tris—HCI和蒸馏水等能量和营养成分的反应液 对于每个平面碱基对 ，能量最低点位置约在 1． 外，还有限制酶胁 Ⅲ和TDNA连接酶，再没有加第 9A，当距离增加时，稳定化能逐渐降低，最终趋向于零； 三种别的什么酶。由此可见，在体外 DNA重组技术 当距离减小时，稳定化能逐渐升高，结合能逐渐由负值 中，酶切位点处碱基对间氢键的断裂不是什么酶作用 变化为正值，当距离减小到1．4A时，表现出静电排斥。 的结果。 5 维持 DNA双螺旋结构稳定的三种作用力 3DNA分子中氢键的化学本