基于固定半径圆模板匹配的基因芯片网格定位方法.pdfVIP

第3O卷 第 1期 沈 阳 理 工 大 学 学 报 Vo1．30 No．1 2011年 2月 JOURNALOFSHENYANGLIGONGUNIVERSITY Feb．201l 文章编号：11303—1251(2011)叭 一0009—03 基于固定半径圆模板匹配的基 因芯片网格定位方法 刘 军 ，冯艳君 ，刘伟军 ，王天然 沈阳理工大学信息科学与工程学院，辽宁 沈阳 110159； 2．中国科学院沈阳自动化研究所，辽宁沈阳 l10016) 摘 要：基因芯片网格定位是确定芯片上按栅格排列的所有荧光靶点二维坐标的图像 分析过程。根据模板匹配的图像检测原理，采用归一化互相关测度对基 因芯片图像与 固定半径圆模板图像进行相似性计算，依次搜索二者之间的最佳匹配位置作为每个荧 光靶点的中心位置。对 6×6低密度基因芯片图像进行了网格定位分析试验 ，实现了芯 片图像中全部靶点的检测和定位。试验表明，对于低密度芯片的网格定位，该方法具有 原理简单和适应性强的特点，但算法效率有待提高． 关 键 词 ：基 因芯片；网格定位 ；固定半径 圆模板 ；图像匹配 中图分类号：TP391．4 文献标识码 ：A A M icroarrayImageGriddingM ethod BasedonFixedRadiusCircularTemplateMatching LIUJun ，FENGYanjun，LIUWeijun，WANGTianran (1．ShenyangLigongUniversity，Shenyang110159，China； 2．ChineseAcademyofSciences，ShenyangInstituteofAutomation，Shenyang110016，China) Abstract：Microarrayimagegriddingisoneimportantstepofmicroarrayimageanalysistode- termine2D imagecoordinatesofallarrayspotsinthehybridizedgenechipimage．According totheprincipleofimagedetectionbasedon templatematching，weappliedthenormalized cross—correlationmeasurementtocomputethesimilaritybetweenmieroarrayimageandfixed radiuscirculartemplateimage，and thensequentiallysearchfortheoptimalmatchingposi— tionsasthecentralpositionsofeveryfluorescentspots．Theimagegriddingexperimentshad beenconductedon6×6low densitygenechip imagetodetectandlocalizeallthespotsin theimage．Theexperimentshadshownthatthismethodischaracteristicofprincipalsimplex andstrongadaptabilityforlow densitymicroarrayimagegridding，buttheefficiencyofthis algorithm isexpectedtobepromotedinthefuture． Keywords：gene chip；mieroarray image gridding；fixedradiusci