猪IFIT1基因的克隆、生物信息学和组织表达分析.pdfVIP

第 33卷第 6期 西 南 大 学 学报 (自然科学版) 2011年 6月 Vol_33 NO．6 JournalofSouthwestUniversity (NaturalScienceEdition) Jun． 2O11 文章编号 ：1673—9868(2011)06—0079—06 猪 IFIT1基 因的克隆、生物信息学和组织表达分析 董然然， 李 顺 ， 蒋曹德 西南大学 生命科学学院，重庆 400715 摘要 ：采用 cDNA末端快速扩增 (RACE)方法 ，对荣 昌猪 jFJ刀 基 因进行克 隆测序 ，利用生物信 息学方法分 析其结够和功能 ，并用 Real—timePCR方法分析初生个体和 1月龄个体 11个不 同组织 (肺 、心、肾、舌头、膀 胱、卵巢、脾 、肝、肌 肉、胃和小肠)的表达情况．结果表 明：jFJ刀 基 因cDNA序 列为 1971bp(GenBank登 录号 ：HQ679904)，包含 5’UTR48bp，全部 CDS序列 1437bp和 3’UTR487bp，编码 478个氨基酸 ，相对 分子质量为 55232．9×10。，等 电点为 6．18．其二级结构 以d一螺旋和无归卷 曲为主 ，三级结构具有典型的三 角四肽和螺旋转角螺旋重复结构．荧光定量结果显示 IFJ 表达量在初生个体和 1月龄个体各组织间均存在 着显著性差异 (户0．01)，初 生个体在脾脏 中的表达量高于其它各组织 (户0．01)，1月龄个体在肌 肉中的表 达量 高于其 它组 织 (0．01)． 关 键 词：猪 ；IFfT／；基 因克隆；生物信 息学 ；组织表达 中图分类号：Q75 文献标志码 ：A P56属干扰素诱导产生的蛋 白质家族 ，它是动物细胞经干扰素处理后，诱导产生的最为丰富的蛋 白 质u ．IFIT1(interferon—inducedproteinwithtetratricopeptiderepeats1)是 P56蛋 白家族中的一员，它可 以干扰蛋 白酶 R功能的发挥 ]，在大多数细胞中，它通常是沉默的，干扰素、病毒的入侵、双链 RNA或 脂多糖可诱导其转录．IFIT1蛋白结构与其他 P56家族 的蛋 白一样 ，具有典型的三角 四肽和螺旋转角螺旋 的重复结构 ，这种结构便于其调节蛋 白与蛋白间的相互作用 ，由此产生 的细胞效应主要有翻译的起始 、病 毒的复制 、双链 RNA的信号调控、细胞 的迁移和增殖 j． 目前，对 Fjrn 基因的研究主要集中于人、小家鼠等 -1。。，对猪 的研究甚少．本试验以荣昌猪为研究 对象，通过基因克隆获得 IFIT1完整的编码序列 ，并采用生物信息学方法 ，对其氨基酸序列 的理化性质 、 结构特性及系统演化关系、组织表达情况等进行 了预测和分析 ，以期为深入研究 FJn 基因的功能提供理 论依据． 1 材料与方法 1．1 动物材料总 RNA 的提取 本试验所用 1O头初生荣 昌猪和 1月龄荣昌猪均采 自重庆市荣昌县红星种猪场．分别采取 10头个体猪 的 11种组织 (肺 、心、肾、舌头、膀胱 、卵巢 、脾 、肝、肌肉、胃、小肠)，经液氮速冻后置于一8O℃保存备 用．各个组织中RNA按 Trizol试剂盒操作说明进行提取． 1．2 猪 JFI田 克隆 以人 Fn 的mRNA全长序列为基序 ，在 NCBIZ(http：／／www．ncbi．nlm．nih／gov)猪的dbEST库 收稿 日期 ：2011—01—04 基金项 目：重庆市 自然科学基金资助项 目(2009BA1052)． 作者简介 ：董然然(1985一)，女 ，山东滕州人 ，硕士研究生，主要从事分子遗传学的研究 通信作者：蒋曹德，副教授． 西南大学学报 (自然科 学版) 第 33卷 中进行 Blast搜索 ，得到 同源性在 80 以J二、同源序列大于 1()()bp的猪 ESTs，ESTs经 DNA～Star软件拼 接得到一条 电子延伸序列 ，根据电子延伸序列设计 引物 IFIT1F／IFJ R(表 1)，以肌 肉cDNA为模板 ， PCR{-I增得到 JF 丁J