服务于微生物群落研究的高性能元基组数据分析平台.pdfVIP

服务于微生物群落研究的高性能元基组 数据分析平台 苏晓泉 徐健 宁康* 中国科学院青岛生物能源与过程研究所，青岛 266101 “服务于微生物群落研究的高性能元基因组数据分析平台”是一个服务于新 一代微生物群落元基因组研究的应用系统，采用并行化的高性能元基因组分 析算法，基于GPGPUCUDA架构和多核心CPU、提供面向互联网的开发共享服务 的协同科研平台，从而使得科研工作者、宽带网络、大容量存储设备、高性 能计算资源、基因测序仪及其它相关科研仪器、数字文献资源、相关处理算 法和工具融为一体，消除了地域、时间、机构之间的边界，提供了全新的科 研活动模式。该平台有力的支撑国内外三十多个元基因组研究，进而促进生 物能源、环境生物监测与治理、营养与健康等领域针对微生物群落结构与功 能的认识与改造。 微生物群落；元基因组；生物信息学；高性能计算；协同工作平台 AHighPerformanceMetagenomics AnalysisPlatformforResearchofMicrobial Community SuXiaoquanXuJian NingKang* QingdaoInstituteofBioenergyandBioprocessTechnology,ChineseAcademyof Sciences,Qingdao266101,China TheHighPerformanceMetagenomicsAnalysisPlatformisanapplicationsystem worksforthenextgenerationresearchofmicrobialcommunities.Itisbasedonthe architectureofGPGPUCUDAandmulti-coreCPU,usinghigh-performanceparallel metagenomicanalysisalgorithmandprovidinganopenInternetcooperatingresearch platformwhichenablestheintegrationofresearchers,networks,storagespaces, computingresources,genomesequencersandotherdevices,digitaldocuments, algorithmsandtools,andalsoeliminatestheboundariesamongdifferentlocations, timesandinstitutes.Nowthisplatformissupportingmorethan30metagenomic projectsofdomesticandinternationaltobenefitforthemetagenomicresearchin thefieldsofbiologicalenergy,biologicalenvironmentmonitoringandmanagement, nutritionandhealthandsoon. Microbialcommunity;Metagenome;Biologicalinformatics;High-performance computing;Cooperatingresearchplatform 1年11月 !：皇!!!!!!里旦l-●-_副二誓工—匕Ⅱ 科研信息化技术与应用第2卷第6期201 》1．微生物群落元基因组研究的重要性 目前通用的元基因组生物信息学分析软件已 经融入到各项微生物群落科学研究之中。通过一系 元基因组是指一定环境