分子动力学研究MeV质子辐照对生物分子二级结构的影响.pdfVIP

第28卷 第4期 核 技 术 V0l1．28．NO．4 2005年 4月 NUCLEARTECHNIQUES April2005 分子动力学研究MeV质子辐照对生物分子二级结 构的影响 林 树 薛建明 赖江南 魏雄辉 颜 莎 王宇刚 1(北京大学教育部重离子物理重点实验室 北京 100871) 2(北京大学化学与分子工程学院应用化学系 北京 100871) 摘要 利用分子动力学方法对MeV质子辐照多肽分子所引起的分子空间结构变化进行了研究，对比了不同质 子能损和模拟条件下分子构象变化的差异。结果表明，在质子轰击下，分子80级结构在其得到 3—5ev能 量后出现明显的变化，从 a螺旋结构向p折叠逐渐转变，并且这种变化与质子能量的沉积方式有关。与温度 效应的对照显示，质子辐照引起的变化与温度所引起的变化有明显的差异：质子辐照产生的分子构象更丰富 多样，而温度所引起的变化则比较单一。 关键词 辐照，多肽分子，二级结构，分子动力学 中图分类号 TL99，0561．5 在过去的半个多世纪中，人们对离子辐照所引 生物分子相互作用的工作提供了可以借鉴的基础。 起的生物效应已经进行了大量的研究，并在离子治 本文介绍我们利用分子动力学方法对离子与生 癌、离子诱变育种以及天然放射性对人体健康危害 物分子相互作用过程进行研究的初步结果，主要讨 评估等方面取得了很好的应用[1-31。 论质子辐照对分子结构可能产生的影响。 目前，从分子水平进行的研究主要是集中在离 子辐照对DNA分子以及部分小生物分子的影响上， 1 模拟方法 并且这些研究主要侧重于化学键的断裂、新分子的 考虑到计算速度等问题，我们选取了结构比较 合成等方面 。对蛋白质等大分子的辐照损伤则研 简单的多肽分子作为模拟对象，所选择的样品含有 究较少。对于生物大分子，离子辐照不仅仅可以引 由 l0个丙氨酸残基组成的多肽链 1【圳，其二级结构 起化学键的断裂和重新组合，也会引起分子二级结 为简单的纯u螺旋。模拟真空条件下高能质子辐照 构的变化，这些都会对分子的功能产生本质影响。 生物分子后分子二级结构的变化规律，模拟采用 一 些实验结果显示，离子辐照确实能够引起分子二 NAMD程序¨，应用 CHARMM力 J，模拟结 级结构的改变。例如崔等人发现30keV离子辐照可 果采用 VMD程序分析 1【引。模拟过程在北京大学 以使得 BSA 分子的二级结构随离子剂量的增加而 RS6000机群上进行。下面介绍具体的模拟过程。 变化：螺旋结构在样品中所 占的比例慢慢上升8【】。 我们的实验结果也显示，MeV质子辐照可以使得 1．1 模拟前的样品准备 样品中a螺旋结构比例上升，而D折叠成分比例下 圳 首先 ，在恒温恒压条件下，T=300K，P= 。 由于实验结果很少，对于离子引起分子结构 0．1MPa，采用周期性边界条件，步长为 lfS，进行 改变的过程和机理 目