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福州大学硕士论文 生物序列比对问题的研究 摘 要 生物信息学是利用现代计算技术来处理和研究生物数据的一门 新型交叉学科。其中，序列比对是生物信息学最基本的一个研究方 法。如何获得比对质量更好、时间空间效率更高的序列比对算法是 生物信息学研究的一个重要的课题。生物序列比对算法在生物信息 学中占有重要的地位。 论文首先叙述了序列比对算法领域从 70 年代到现在的发展过 程，讨论了Needleman和wunsch最早提出的生物序列比对算法一一 全局比对动态规划算法，同时，分析了目前双序列比对算法及其启 发式算法存在的问题。接着论文提出了一种新的基于高分片段对HS尸 的同源性搜索启发式算法 SegmentPairAlignoent(SPA)，在加快 比对速度的同时，又能发现序列之间微弱的相似关系，大大提高了 序列数据库相似性搜索的敏感性，并且能返回比对的具有统计学显 著性的评分。 多序列比对是一个NP一Complete问题。当序列数量增加时，对 计算的挑战就令人生畏。在实际操作中，算法都会在计算速度和获 得最佳比对之间寻求平衡。论文介绍了多序列比对算法的发展现状， 分析了各个算法的优缺点;着重介绍了基于SGA 的多序列比对算法， 总结了该算法存在的问题。最后，提出了一种新型的多序列比对算 法 (GA一DP)，在该算法中综合了片段对思想和动态规划思想，并且， 能在合理的时间内找到多序列比对问题的近优解，大大改善了多序 列比对的质量。 关键词:生物信息学，双序列比对，动态规划算法，高分片段对 多序列比对，遗传算法 万方数据 AbstraCt AbstraCt BioinformaticsisanewcrossingdisciPlinewhichutilizesmodern comPutationaltechnologytohandleandresearchthedataofbiology，In bioinformatics，sequencealignmentisthemostfoundationProblem.How toobtainbetteralignmentofsequencesefficientlyistheimPortanttheme init.TheresearchofsequencealignmentalgorithmPlaysanimPortant roleinbioinformatics. After givinganintroductionofallkindalgorithmsinthisfieldand discussingtheear1iestglobalPairwisesequencealignmentalgorithm一 Needleman一WunschDynamicProgramminga1gorithm，thePaPeranalyzes thedisvantagesofallPairwisesequencealignmentalgorithmsandits heuristicalignmentalgorithms.AlsothePaPerdeducesanbwheuristic algorithmbasedonHigh一SegmentPairs.Itcanimprovethealignmen