RPLC-SDS-PAGE整体蛋白质分离结合纳升毛细管液相色谱-串联质谱联用技术的研究和应用.pdfVIP

RPLC-SDS整体蛋白质分离结合纳升毛细管 液相色谱一串联质谱联用技术的研究及应用 张养军1 李文瑞 孟庆芳 邓新宇 田英华 王京兰 杨兵 蔡耘 贺福初 钱小红2 (军事医学科学院放射医学研究所基因组学与蛋白质组学研究室，北京，100850， zhangyj@nic．bmi。ac．cn) 关键词：蛋白质组学反相液相色谱SDS液一质联用 蛋白质组学研究中技术平台的建立是目前分析化学面临的巨大挑战。其难点主要包括两 个方面；一方面是复杂生物样品韵分离：另一方面是生物质谱的检测灵敏度。而最关键的冈 素是蛋白质混合物和多肽混合物的高效分离。、、目前对蹩体蛋白质分离所采用的主要手段是色 谱方法、凝胶电泳以及它们的有效组合川。由i于只采用一维色谱技术或多维色谱技术的分离效 率无法与两维凝胶电泳媲美，而两维凝胶电泳又对高分子璧、强疏水性和等电点过高或过低 的蛋白质存在歧视性幢1，因此如何扬长避短，’发挥两类商效分离方法的优势成了目前蛋白质组 学研究中需要探索的问题之一．本：r作就是结合了色谱和凝胶电泳方法的优点，即反相色谱 (RPLC)可以疵赧两维凝胶v电泳方法中第曩维等电聚焦存在的缺陷，并具有高的分离效率， 多维分离技术，对国际人类蛋白质组织(HUPo)提供的法国人肝脏组织样品提取的蛋白质混 合物进行了分离‘并通过胶生酶切和进一步对多肽混合物的纳舞级毛细管液相色谱一串联质谱 联用分析，获得了法国人肝脏缌织嚣蛋白虞凄哒谱≯为规模化研究入肝脏蛋白质组奠定了基 础。 PF2D，美 对法国成人肝脏组织样品提取的蛋白质缀韵一维反相液相色谱(ProteomeLab 通用电器公司的安玛西亚公司)分离，部分色谱馏分的电泳图如图2所示。为了高效分离， H SDS蛋白质上样量应小于50 g，所以每个馏分上样到两个泳道，其中用数字标记的蛋 白质条带为胶上酶切的目标条带，经过胶上酶切和提取，共获得474个多肽混合物样本。 通过采用毛细管液一质联用(ESI-Q／TOF 据库检索，总共鉴定了9696条肽段，去冗余后得到2552条肽段，归结子402种蛋白质和240 个蛋白质簇。其中蛋白质的等电点分布范罔为：4．29～11．57，分子鼙分布范同为：8587～ 结果表明该技术路线可用于组织和细胞中复杂蛋白质组表达谱的构建或比较蛋白质组的研 究。不足之处是实验周期长，需要仪器有很好地稳定性，这也是目前蛋白质组学普遍的存在 问题和今后研究中需要努力的方向之一。 1作者简介：张养军， 男，1963生，高级1二程师 2通讯联系人：钱小红，女，研究员，博士生导师， 电话／传真：(010 E-mail：qianxh@nic．bmi．ac．÷一 547 ∞ ∞ ∞ 侧{{酬 ∞ A B ∞ Q6|j Q4 ¨ o 《 4||l