麻风病的全基因组关联的研究.pdfVIP

2010全国中西医结合皮肤性病学术会议论文汇编 大会交流 麻风病的全基因组关联研究 张福仁 黄 薇 陈树民 孙良丹 山东省皮肤病性病防治研究所 摘要 背景麻风分枝杆菌宿主的局限和难以在体外培养，限制了对麻风的研究及其生物学方面的了 Hu— 解。宿主的遗传因素不仅影响对麻风菌的易感性，也影响麻风病的病程。方法 本研究采用Illumina man610一Quad 正常对照中验证，以确定麻风病的易感基因。同时我们在麻风的不同临床型别中进行了异质性检验，以期发 发现5个SNPs在多菌型麻风病中的遗传效力强于少菌型。结论位于调节固有免疫NOD2介导的信号通 路中基因的变异与麻风病的易感性相关。 麻风病是一种由麻风分枝杆菌感染所致的慢性传染病，主要侵犯皮肤和外周神经，并导致不可逆性的神 经功能损害和慢性畸残。尽管自上世纪80年代世界卫生组织推广联合化疗后，麻风的流行率大幅度下降， 但麻风病仍是重要的公共卫生问题，在许多发展中国家仍然是最重要的可预防的致残性疾病之一。麻风分 枝杆菌仅感染人类且体外培养不能成功，限制了对其感染机制和临床的研究。 仅有少数人在感染麻风分枝杆菌后发病。发病后的临床型别随宿主的免疫状态及入侵杆菌间的相互作 用表现为谱状分布。瘤型及结核样型位于病谱的两端，与宿主免疫的相对稳定有关。中间界线类的临床表 ．现多种多样，与宿主对入侵细菌免疫应答不稳定有关。 不同菌株的麻风分枝杆菌测序结果显示该分枝杆菌极少变异，这说明易感性及临床表型的差异并非由 杆菌变异所致。宿主的免疫应答在麻风发病中起决定性作用：多菌型与Th2细胞介导的免疫应答相关，而 少菌型则与Thl细胞介导的免疫应答相关。 家族聚集性研究、双生子研究及HLA表型的研究等均提示麻风病具有遗传易感性。有报道HLA—DR， 结果极少在验证时被重复。本研究采用全基因组关联研究的方法定位了麻风病的易感基因。 1材料与方法 1．1研究对象 在山东、江苏、云南、安徽等省份收集麻风病例和正常对照标本，共收集麻风病例4056例，正常对照 7304例，均为无血缘关系的独立个体。病例的诊断至少由两名皮肤科专家同时确诊。临床分型、家族史情 况及发病年龄等信息通过病历采集。经过分析过程中标本的质控，共3980例麻风病例与7180例正常对照 分型成功。入选病例及对照的详细资料。 1．2方法 Human Bead 两阶段方法进行全基因组关联研究。第一阶段：采用Illumina610一QuadChips对706个 · 25· 2010全国中西医结合皮肤惟病学术会议论文汇编 大会交流 50ng／ul。处理完毕后在基因芯片工作站中与SNP芯片进行杂交、延伸、洗脱、染色等一系列处理，样本的扫 BeadStudio 描数据导入Illumina 3．2软件中，该软件将每个样本的荧光信号转化成分型数据。第二阶段：根 据第一阶段的统计学结果，挑选可能阳性的93个SNPs位点进行验证。验证实验在三组样本中分别进行， 第一组、第二组样本均为汉族人群，第三组样本包括苗族、壮族、彝族等少数民族样本。其中88个SNPs采 用SequenomiPI。EX平台验证，样本DNA经多重PCR反应扩增，扩增产物进行位点特异性单一链的延伸， 延伸产物脱盐并转移到384孔的芯片上。质谱仪进行等位基因的检测，采用Sequenom 软件对检测结果进行分析。5个MHC区域的SNPs位点采用TaqManAssay平台进行验证。该平台PCR PCRMaster 反应体系包括TaqMan(r)Universal 7900HT快速系统执行一个扩增反应和等位基因区分反应产生实验数据和结果。采用SDS软件对实验数 据进行分析。 1．3统计学方法 数据不好的样本和SNP点。采用主要成分分析