果蝇、斑马鱼GABAA受体同源模建及与氟虫腈作用模式的分子动力学模拟研究.pdfVIP

第十三届全国农药交流会论文集 135 果蝇、斑马鱼GABAA受体同源模建及与氟虫腈作用模式的 分子动力学模拟研究 郑楠张薇徐晓勇须志平邵旭升程家高李忠 (华东理工大学药学院；上海市化学生物学重点实验室) 摘要：通过同源模建、分子对接及分子动力学的方法分别研究了果蝇及斑马鱼GABA。受体与非竞争 管是与果蝇还是与斑马鱼GABA。受体结合，氟虫腈分子都伸展的竖立在孔道中，阻碍氯离子的正常通过。 置略微靠近胞外部分。进一步分析氟虫腈与果蝇和斑马鱼GABA。受体的结合方式，探索了关键作用残基 助。 关键字：GABAA受体同源模建分子对接分子动力学模拟 1研究背景 一个高活性的苯并毗唑类杀虫剂，结构新颖，与拟除虫菊酯、环戊二烯类及有机磷等杀虫剂无交互抗性， 物低毒，却对蜂类特别是对鱼类等水生生物高毒。所以第八届全国农药登记评审委员会第四次全体会议决 定自2009年lO．91日起，除卫生用、部分旱田种子包衣外，在我国境内停止销售和使用用于其它方面的含氟 虫腈成分的农药制剂。氟虫腈的禁用无可厚非，但其广谱杀虫、对哺乳动物低毒、与其它杀虫剂之间无交 叉抗性等优点却值得人们继续关注它，探索氟虫腈与不同靶标物种的作用机制，解决非靶标生物的毒性将 会为氟虫腈带来新的希望。 在本研究中，我们首先通过同源模建方法构建果蝇和斑马鱼GABAA受体的三维结构；随后使用分子对 腈复合物作为初始结构，进一步通过分子动力学方法研究氟虫腈分别与果蝇和斑马鱼GABA。受体的作用模 式，探索氟虫腈与不同物种靶标之间的作用差异。 136 其它 2研究方法 2．1果蝇及斑马鱼GABAA受体的同源模建 3亚基氨基酸序列均来自于UniProtKB蛋 用于实验的果蝇(P25123)RDL亚基和斑马鱼(E7EXGO)B Center 白质序列数据库。将两条序列分别在NCBI(National Biotechnology 搜索，两条序列均与谷氨酸氯离子通道同源性最高。因此在本研究中，我们选取谷氨酸氯离子通道(PDB ID：3RHW)作为构建模型的模板。 2．2分子对接 受体TM2区形成的通道中。最后综合考虑对接构象对接模式、打分以及出现的频率，选取较为合理的对接 构象进行下一步的分子动力学模拟。 2．3分子动力学模拟 软件包。以果蝇GABA。受体一氟虫腈复合物体系为例，复合物体系在磷脂双分子层中的动力学显示如图1所 示。 图1 果蝇GAB从受体一氟虫腈分子动力学模拟体系 3结果与讨论 3．1同源模建 估。最终的模型评估说明，通过同源模建得到的果蝇和斑马鱼GABAA受体模型都是合理可靠的。图2为使用 同源模建方法获得的GABAA受体三维结构，从图中可以看出胞外区结构以B折叠(深色)为主，跨膜区为 第十三届全国农药交流会论文集 137 仅螺旋(浅色)。5个亚基的TM2区围成漏斗状的通道。 图2模建得到的GABAA受体三维结构 3．2分子对接 为研究果蝇和斑马鱼GABAA受体TM2区氨基酸残基的差异是否会影响氟虫腈与其的作用模式，我们将 氟虫腈分别与模建得到的果蝇和斑马鱼GABAA受体进行对接，初步探索其作用方式。从对接结果中，选取 了现频率最高同时也是打分排名最为靠前的构象(图3)，作为随后氟虫腈一GABAA受体复合物分子动力学 模拟的初始构象。 bl 1tt3a)氟虫腈与果蝇GAB从受体的对接结合模式；b)氟虫腈与斑马鱼G肥从受体的对接结合模式。(A链：绿色，B链：青 色，C链：紫红色，D链：Rg-．，Ett．酒红色；虚线：氟虫腈及氢键作用；棒状显示：氟虫腑及关键氨基酸残基。) 3．3分子动力学模拟 138