折叠方法的研究.pdfVIP

生 物 信 息 学 ChinaJournalofBioinformatics 专 论 与 综 述 蛋白质折叠机理的理论研究 欧阳芳平，徐慧，郭爱敏，李燕峰 (中南大学物理学院理论生物物理研究室，长沙410083) 摘要：简要综述 了近年来蛋白质折叠机理的理论研究。首先回顾了蛋白质折叠理论的发展历程，然后对折叠中间体的研究现 状作了较详细的介绍。同时，对折叠机理理论研究中的几种理论模型和模拟算法作了细致评述，分析了其现状和存在的问 题。最后，总结和讨论了折叠机理理论研究的现存问题及研究热点，并展望了该领域研究的发展趋势。 关键词：蛋白质折叠；能量漏斗；折叠中间体；理论模型；模拟算法 中图分类号：Q61 文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2Ocr7)一o4—179一o3 Theoreticalstudyofprotein foldingmechanism OUYANGFang—ping，XUHui，GUOAi—min，LIYan—feng (Theoreticalbiophysi,~lab，CollegeofPhysics，CentralSouthUniversity， ，410083，Otina) Abstract：Inthisarticle，theoreticalsutdiesofproteinfoldingmechanism inrecentyearsaresummarized．Firstly，thedevelopmentofprotein folding hteoryisretrospected，andhtenwenitroducehtesutdyingstatusoffoldingintermediate．Simultaneity，wedetailedlyreviewseveralhtoe- reticalmodelsnadsmiulating algorithmsnadanalyzehteirstatusnadproblemexisting．Finally，wesum upnaddiscusstheproblem e stiIlgnad studyinghotspotsofhtehtoereticalsutdiesofproteinfolding moehanism，nadhte~ dying trendinthisfieldisprospected． KeyWords：Proteinfolding；Energyfunnel；Foldingintermediate；Theoreticalmodel；Smiulating algorithm 1 前言 在体外 自发折叠成具有完全活性的天然构象，指出：蛋白质 的一级结构包含有指导其形成天然构象的全部信息…。这 蛋白质是一个复杂的生物凝聚态体系。由一些通过a 个假说从热力学的角度暗示了蛋白质的天然结构可能处于 氨基酸单元缩水聚合而成的线形高分子链组织而成的体系。 总体自由能的最低点。此后许多重要的研究也证明了这一 由于固有的自回避效应和相互作用性质的复杂性，高分子体 理论。但是由于 柚 sen的假说只关注于折叠的结果，却忽 系本身就具有许多有待深入探讨的理论问题；有限却比较庞 略了折叠过程中可能发生的事件，Levinthal指出，计算可知 大的体系尺寸，为统计理论和动力学方法的应用也提出了许 一 条多肽链可能采取的折叠构象的数 目简直是个天文数字， 多新的课题和思考。同时，生物体系是一个复杂耦合的开放 靠随机选择获得最低能量构象所需的时间是远远超出实际 体系，使得蛋白质研究成为一个很具有挑战性的课题。 观察到的折叠时间的 J，这就是所谓 Levinthal的悖论(para． 蛋白质折叠问题被表述为：怎样从已知的序列信息出 dox)。Levinthal和wel【 因此提出蛋 白质的折叠过程是 发，