新药研发网格下的一种药物分子对接并行程序.pdfVIP

计算机技术与府用进展·2007 新药研发网格下的一种药物分子对接并行程序宰 李正夫1郭权1王希诚2 16023 1东软信息学院计算机科学与技术系，辽宁大连1 2火连理工人学j亡业装备结构分析国家重点实验室，辽宁火连116024 摘要：对药物分子对接和药物分子对接软件和新药研发网格作了简单的介绍。然后介绍了当网格 节点已经细化到某单个并行计算机上的时候，可以替代原网格实现方法的一种药物分子对接并行计算 程序．通过减小粒度，此并行程序的负载情况得到改善．最后对这个并行计算程序与原网格实现方法 在时间上进行了简单的对比分析。 关键词：网格分子对接并行计算 1引 言 近些年来，随着计算机药物筛选的兴起，新药的研究和设计进入了一个新的时代。计算机药物筛选可 以显著的缩短新药的研发周期和降低研发费用。计算机药物筛选一般是针对选定的靶标，使．}}j高性能并行 计算机，从庞大的小分子库中筛选出具有药理活性的化合物。分子对接法是计算机药物筛选中十分重要的 方法。由于分子对接的搜索空间十分巨大，普通计算环境难以在可以接受的时间内得到满意的结果。、而在 另一方面，网格技术在近些年米得到了飞速的发展，网格给最终的使用者提供的是地理位置无关、与具体 的计算设施无关的通用的计算能力和资源。’目前，有些应川网格已经在实际的’T二作中发挥了重要的作用。 当把网格技术引入到分子对接中，借助于网格的资源和计算能力，很好的解决了分子对接所面临的搜索空 问问题。药物研发网格正是基于这样的背景而发展起来的。借助于药物研发网格，我们可以显著的缩短一 次配体集与受体对接的时间。 ‘ 2药物分子对接和新药研发网格 很多生物火分子(受体)重要的生理和药理功能是通过它与小分子(配体)的相互作刚来体现出来的。 分子对接法是指将小分子配体放置丁．受体的活性位点处，并且寻找其合理的取向和构像，使得配体和受体 的形状和相互作用的匹配最佳【l】。但是，配体与受体的相互作用是一个十分复杂的过程。配体和受体在结 合时，存在着静电相互作用、氢键相互作用、范德华相互作用和疏水相互作用，结合的部位一般是蛋白质 的氨基酸残基。静电相互作用、氢键相互作用和范德华相互作用控制着配体与受体的结合。疏水作用是配 体与受体结合的驱动力量，只有疏水作用强，配体和受体才能排除水分子而结合在一起。在配体与受体结 合时，配体分子还要取得一定的构像，使其自身来“适应”受体结合部位的“空腔”形状和构像变化。同时， 为迎合配体的结合，受体的构像也会发生相应的变化。 在分子对接设计中一般只考虑了配体的柔性信息，那么分子对接的过程可描述为求解如下优化问题的 过程： ’作者简介：李正夫(1978一)，男，籍贯黑龙江安达市，研究方向为网格计算、并行计算。 rain’E=爿瓦D．瓦R。如如瓦¨…‰J (1) s．t． 兰5瓦!X Y． 羔585 玺曼tSZ， Dr, -，r!angle angle=RpR”R》T扛i…。Th． 其中靠^…，Tb．是柔性配体中可旋转键的旋转角，n为可旋转键数目；Tx，t，疋，Rx，风，R：是配体中 某一刚性子结构的中心坐标及旋转角．用于表示配体分子的敬向倍息。翻标函数E极为分予问相互作用能： 如姜萎c争专+332．0静 ㈨ 的因子”】。 ． 以在DOCK基础上又衍生出许多其他的分子对接软件，这些分子对接软件各有优缺点，他们所考虑的侧重 点也宥所不同。嗣蘸D