宏基因组学探索海洋病毒世界的新工具.pdfVIP

宏基因组 探索海洋病毒世界的新工具 汪 俭 (中国海洋大学海洋生物学院 山东 ·青岛 266003) 摘 要 海洋病毒，主要是感染微生物的噬菌体，是海洋世界中最丰富的生物体。由于大于99％的微生物宿主不能 被培养，并且病毒基因组没有一个通用的标记基因，利用传统的培养和PCR的方法不能够完全 了解环境中病毒群落 的多样性和动态学性质。病毒宏基因组学(metagenomics)研究突破了这些方法的限制，直接以环境样品中病毒群体 的基因组为研究对象，探究环境中病毒群落结构和功能，极大地丰富了对海洋病毒多样性及其功能的认识。 关键词 海洋病毒 宏基因组学 多样性 中图分类号：R318 文献标识码：A 学 病毒是海洋生态系统中数量最庞大的生物体，在生物地 中，通过对这些不同环境中病毒群落的宏基因组学研究，不仅 球化学循环中起着重要作用，可以影响微食物环中的C、N流， 丰富了病毒生存的环境，更能了解病毒在这些极端环境中的 调节水体中的微生物群落结构，维持微生物的多样性，介导微 生存方式，以及所用到的各种蛋白、核酸复制的机理等，将会 生物之间的基因转移。 大大增加人们的生命科学知识。中国海域辽阔，资源丰富，但 传统的研究病毒的方法是通过培养分离的方法，得到纯 是我们对海洋的研究才刚刚起步，尤其是海洋病毒宏基因组 种的病毒，但是这种方法 由于大部分的病毒不可培养，导致对 学的研究还未见报道，而宏基因组学研究提供了我们研究海 自然环境中整个病毒群落的了解知之甚少。另外，由于病毒 洋中绝大多数不可培养的微生物的一个有效手段，提供了海 没有像原核生物和真核生物 16sRNA、18sRNA一样的标记基 洋病毒丰度、分布和动力学的重要信息。因此，随着DNA测 因去鉴别它的多样性，而病毒宏基因组学(metagenomics)研究 序技术的力量进一步的改善，可以更全面地表征海洋病毒多 突破了这些限制，直接 以生境中整个病毒群落的基因组为研 样性和更好地了解海洋微生物生态系统。自首个病毒宏基因 究对象，探宄环境中病毒群落结构和功能，极大地丰富了对海 组测序 以来，病毒宏基因组学已被证明是研究病毒群落和发 洋病毒多样性及其功能的认识。病毒宏基因组学可以研究各 现新基因和新病毒的一个不可或缺的工具，宏基因组学研究 种环境下的病毒群落，阐明环境病毒的遗传潜力、群落结构和 也将会开启中国海洋微生物研究新的篇章。 生物地理学，提高我们对病毒生态学的认识。其次，病毒群落 尤其是噬菌体群落的宏基因组学分析，为我们研究微生物生 参考文献 态和环境动力学提供了一个有效的工具。病毒编码的功能基 [1] Suttle，C．A．，Virusesinthesea．Nature，2005．437(7057)：P．356—361． 因代表着环境中最重要的代谢过程，并且病毒代谢过程在不 [2] Edwards，R．A．andF．Rohwer，Viralmetagenomics．NatRevMicrobiol， 2005．3(6)：P．504—10． 同的环境中也是不同的。在海洋环境中，噬菌体和藻类病毒 [3】Dinsdale，E．A．，eta1．，Functionalmetagenomicprofilingofninebiomes．Na— 都携带有光合基因，能够使它们的宿主在强光下进行光合作 ture，2008．452(7187)：p．629-U8． 用。还有许多噬菌体编码抗生素基因、宿主免疫抗性基因和 4【] Sharon，I，eta1．，Viralphotosyntheticreactioncentergenesandtranscripts inthemarineenvironment．1smeJourna1．2007．1(6)：P．492—501． 毒力因子。例如毒素，能增加其宿主的致病性。病毒宏基因 [5] Wagner，EL．a