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第 卷第 期
44 2 山 东 大 学 学 报 (医 学 版) Vol.44No.2
( )
年 月 JOURNALOFSHANDONGUNIVERSITYHEALTHSCIENCES
2006 2 Feb.2006
文章编号:
1671-7554(2006)02-0109-05
人类群体遗传结构的图论主坐标分析方法
1 1 1 1
薛付忠 王洁贞 张 娜 胡 平
, , ,
(山东大学公共卫生学院流行病学与医学统计学研究所 山东 济南 )
, 250012
摘要 目的:提出基因频率矩阵的图论主坐标分析方法,探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应
[ ]
用。方法:从分析基因频率矩阵的结构特征入手,将主坐标分析与图论中的最小生成树有机结合,构建人
类群体遗传结构的图论主坐标模型,并以中国 个汉族人群 位点遗传结构分析为例,验证图论
26 HLA-A
主坐标分析的科学性和适用性。结果:图论主坐标分析的基本步骤可概括为: 对中心化基因频率矩阵
①
进行主坐标分析; 按图论原理求过 维空间 个点的最小生成树; 利用求 “颈”法分割最小生成树;
② m n ③
将最小生成树整合到二维主坐标散点图中构建图论主坐标分类图。根据此步骤,对中国 个汉族人
④ 26
群HLA-A位点遗传结构进行了图论主坐标分析,分析结果符合中华民族源与流的客观规律。结论:图论
主坐标分类图既可显示各群体的遗传结构特性,又可利用最小生成树的连接关系揭示各群体间的内在
联系;图论主坐标分析是分析人类群体遗传结构的一种理想方法。
关键词 遗传学 群体 图论主坐标分析 基因频率 组织相容性抗原 人
[ ] , ; ; ; ;
中图分类号 文献标识码
[ ] R195.1 [ ]A
Themethodologyofgraphtheoryprinciplecoordinatesanalysison
humanpopulationgeneticstructure
XUEFu-zhong,WANGJie-zhen,ZHANGNa,HUPing
(InstituteofEpidemiologyandBiostatistics,SchoolofPublicHealth,ShandongUniversity,Jinan250012,
Shandong,China)
[ABSTRACT] Objective:Topresentthemethodologyofgraphtheoryprinciplecoordinatesanalysis
andexploreitsapplicabilityforstudyinghumanpopulationgeneticstructure.Methods:Basedonthestruc-
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