利用苯肾上腺素诱导新生大鼠心肌细胞肥大基因表达谱构建其调控网络.pdfVIP

中国病理生理杂志 ChineseJournalofPathophysiology 200925(11)．208I二2o · 208l- [文章编号] 1000—4718(2009)11—2081—07 · 论 著 · 利用苯肾上腺素诱导新生大鼠心肌细胞肥大 基因表达谱构建其调控网络术 张永新， 李子健， 闰 洁， 张幼怡 (北京大学第三医院血管医学研究所，分子心血管学教育部重点实验室，北京 100191) [摘 要] 目的：利用心肌肥大病理过程中基因表达谱的变化，构建基因／蛋白质调控网络。方法：以苯肾上 腺素诱导新生大鼠心肌细胞肥大为模型，在分析肥大心肌细胞基因表达谱变化的基础上 进一步利用Pathwaystudio 和AgilentLiteratureSearch软件结合文献挖掘方法，构建基因／蛋白质相互作用网络。结果：构建的网络包含450个 相互作用的基因／蛋白质 (节点)以及 592个它们之间相互作用的关系 (边)。拓扑分析表明该网络具有无尺度特 性，同时分析确定 l4个基因／蛋白质是网络的关键节点。通过GO (geneontology)分析，发现在苯肾上腺素诱导新 生大鼠心肌细胞肥大的过程中。与物质代谢 、细胞信号转导及细胞骨架等密切相关的基因可能发挥了重要作用。 结论：构建基因／蛋白质网络为研究心肌肥大的分子机制提供了有用的信息和方法。 [关键词] 心脏；心肌肥大；基因表达谱 [中圈分类号] Q463 [文献标识码] A Constructionofa genomicregulatorynetwork based on geneexpression profileofneonatalhypertrophiccardiomyocytesinduced byphenyleph- rIne ZHANGYong—xin，LIZi—jian，YANJie，ZHANGYou—yi (1nstit~eofVascularMedine，PekingUniversity豫讥 HospitalandKeyLaboratoryof肘0c 0rCardiology，Ministryof Education，Beijing100191，China．E—mail：zhangyy@bjma ．edu．cn) [ABSTRACT] AIM ：Toconstructagenomicregulatorynetworkbasedongeneexpressionprofilingofhypertrophic cardiomyoeytesinducedbyphenylephrineinneonatalrats．METHODS：Culturedneonatalhypertrophiccardiomyocytes wereinducedbyphenylephedrine．ThegeneexpressionprofilesofthesecellswereassessedbyusingacDNA mieroarray， andthemicroarraydatawerefurtheranalyzed byPathwaystudioand AgilentLiteratureSearch software．RESULTS：A genes／proteinsinteractionnetworkwasconstructedwith450nodesand592edgesbyanalyzingthegeneexpressioninhy— pertrophiccardiomyocytesandliteraturemining．Thenetworkbelongstoscale—freenetworkbytopologicalanalysis，and 14genes／proteinsas keynodes，in