基于原子表面蛋白质水合自由能预测模型.pdfVIP

物理化学学报 (WuliHuaxueXuebao) ActaP S．一Chim．Sin．，2003，19(8)：723～726 723 基于原子表面的蛋白质水合 自由能预测模型 侯廷军 章 威 黄 钦 乔学斌 徐筱杰 (北京大学化学与分子3-程学院，北京 100871) 摘要 提出了一种计算蛋 白质水合 自由能的简化模型(SAWSA2)．模型把蛋 白质分子中的原子分为 20种不同 的原子类型，通过每类原子 的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数，就可以得到分子的水合 自由能 ．不 同原子类型的溶剂化参数通过 ll0个蛋 白质分子水合 自由能拟合得到，水合 自由能的标准值采用了基于求 解 Possion．Boltzmann方程 (PB)以及分子表面计算 (SA)相结合的方法 ．采用得到的模型，预测了20个蛋 白质 分子的水合 自由能，预测值的相对值和绝对值都能和PB／SA的计算值很好地吻合，大大优于两种已报导的水 合 自由能模 型 ． 关键词： 水合 自由能， 溶剂效应， 分子表面， 蛋白质， PB／SA(Possion—Boltzmann／分子表面模型) 中图分类号： O641， 0645 蛋 白质 、DNA和 RNA都必须在溶剂环境下，才 值不是实验值，而是采用PB／SA模型的计算结果 能折叠成为特定的三级结构并表现出正常的生理 功能 ．已经报导了多种溶剂化能的计算模型H-81． 1 计算方法 这些模型大致可以分为两类：电荷相关模型n 和电 为了进行溶剂化参数的拟合，我们从PDB库中 荷非相关模型[3-81．采用后种方法，一个分子的溶剂 随机选取了 130个蛋 白质分子，其中 110个蛋 白质 化 自由能可 以表示为 分子组成了训练集，20个蛋 白质分子则组成了预测 AG?= A (1) 集 ．对于这 130个蛋 白质分子，将所有结晶水分子 l 式中，i为某类原子或基 团的序号，A为表面积，6 从结构中剔除，在 InsightI1分子模拟软件包 中加上 为溶剂化参数 ． 氢原子 ．因为蛋 白质体系的水合 自由能没有文献报 我们 曾报导了一种基于原子溶剂化可及化表 导，我们把基于求解 Possion．Boltzmann方程(PB)Il】 面计算的水合 自由能计算模型，即SAWSA(solvation 以及分子表面计算 (SA)相结合的方法预测得到的 basedonatom．weightedsurfacearea)模型 引．SAwSA 水合 自由能作为拟合的标准值 ．PB／SA的计算采 模型采用了377个简单有机小分子，计算得到不同 用了InsightII中的Solvation模块 ．PB的计算采用 原子类型的水合 自由能参数 ．采用该组参数，我们 了DelphiII软件包计算 ．计算时，溶液的离子强度 也预测了蛋 白质的水合 自由能 ．计算结果表明，预 均设为0．对于溶液条件下的蛋 白质体系，外部介 测得到的水合 自由能和 PB／SA模型计算得到的结 电常数设置为 80．0，蛋 白质 的介 电常数设置为 果有好的相关性，但绝对值之间存在较大的偏差， 2．00．格点的分辨率为0．08nln．蛋 白质分子的部 其原因就是有机分子中和蛋 白质分子中相应的原 分电荷采用 CFF91力场中的电荷参数 。。，而原子 子类型具有一定的差异 ．因此，本文对蛋 白质体系 的范德华半径也来 自于CFF91力场参数 ． 提出了新的水合 自由能模型，即SAWSA2模型 ． 我们编写了一套程序让参数化可以自动进行 ． 和 SAWSA模型