卡氏肺孢子虫kexin蛋白抗原表位预测.pdfVIP

l078 · 现代预防医学 2011年第38卷第6期 M(v ． ternPreventiveMedicine，2011，Vo1．38．NO．6 htnd) 2．3 kexin蛋 白的表面可能性分析 1．2．2 kexin蛋白二级结构预测 利用 DNAStar软件进行 kexin kexin蛋 白的氨基酸呈现在表面的可能性最大的区域主要 蛋白二级结构预测。 是第9O—l16，142～187，674—733区段 。见图3。 1．2．3 kexin蛋 白的表面可能性分析 利用 DNAStar软件进行 kexin蛋 白氨基酸表面可能性预测 。 1．2．4 kexin蛋 白亲水性 、可及性 、极性及可塑性参数预测 利用 HoppWoods亲水性参数 ，Janin可及性参数 ，Zimmer． man极性参数及柔韧性参数预测 (http：／／cn．expasy．org／cgi- bin／protscale．p1)。 图 3 kexin蛋白的表面可能性预测 1-2．5 B细胞表位预测 利用 Parker法分别分析抗原表位 (http：／／npsa-pbil．ibep．fr／c -bin／npsa_automat．pl?page=／ 2．4 kexin蛋 白亲水性、可及性、极性及可塑性参数预测 NPSA／npsapcprof．htm1)。 _ 73—86。 145—177，605～618aa为 高 亲 水 区 ；166～ 1．2．6 T细胞表位预测 在 SYFPEITHI服务器 (http：／／www． 215，256—291，300～313，336—353，384-402，407～442aa为 syfpeithi．de／home．htm)，选择氨基酸长度为 15一meFs，基因型为 高可 及性 区；；71～86，143～176aa为 高极 性 区域 ；145— H2一AK、H2一EK型小 鼠表达的MHCII类分子，预测其 MHClI 177，227—245，309～358，393-411，489-533，558-620， 类分子结合肽 。 660～744aa为高柔韧性区。见图4。 1．2．7 评判 将上述方法互相参照，综合分析 比较 ，兼顾各预 2．5 B细胞表位预测 测参数 ．推断 kexin抗原表位 ．对预测的 kexin表位进行综合 利用 Parker法分别分析抗原表位 ，结果见 图5，可见 B细 评判 。 胞表位可能 的区段位于第 19～29，133—162，219—243，671— 733aa。 2 结 果 2．6 T细胞表位预测 2．1 kexin蛋白信号肽及跨膜 区预测 为确保预测到的抗原表位位于成熟蛋白部分而不在信号肽 SYFPEITHI服务器预测T细胞表位结果显示 ，按积分由高 区及跨膜区，首先进行靶蛋 白的信号肽及跨膜区预测，结果显 到低依次为第 367—381aa积分 28分 ．第 13～27、38-