链球菌属纤连蛋白结合蛋白的生物信息学分析.pdfVIP

第 9卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vo1．9No．1 2011年 3月 ChinaJournalofBioinformatics Mar．，2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．01．015 链球菌属纤连蛋 白结合蛋 白的生物信息学分析 周益装 ，尤元海 ，张建中 (中国疾病预防控制 中心传染病预防控制所，北京 102206) 摘 要：对链球菌属纤连蛋 白结合蛋 白进行系统的分析 ，找 出其特征，为 以后的研究奠定基础。通过 MUSCLE、BLASTP、PSI— BLAST、PHYLIP、Perl编程等生物信息学方法对217条候选纤连蛋 白结合蛋 白进行研究。发现共有 31个序列纤连蛋 白结合蛋 自重复单元序列模体，绝大部分蛋白由两个或两个以上的不同模体序列构成，其保守结构域组合呈现多样性等特征。表 明链 球菌属纤连蛋白结合蛋白重复单元序列模体不是严格统一的，总体上具有变异性，但模体之间又有很大的相似性。 关键词 ：生物信息学；纤连蛋 白结合蛋 白；链球菌属 中图分类号：Q518．2 文献标识码：A 文章编号 ：1672—5565(201I)一Ol一060—05 Bioinformaticsanalysisforfibronectin——bindingproteinsofStreptococcus ZHOU Yi—zhuang，YOU Yuan—hal，ZHANG Jian—zhong (NationalInstituteforCommunicableDiseaseControlandPrevention，ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention，Beijing102206，China) Abstract：Tosystematicallyanalyzefibronectin·bindingproteinsofstreptococcstodiscoverfeaturesandbuildfirm foundationforfollowingresearches，bioinformaticstoolssuchasMUSCLE、BLASTP、PSI-BLAST、PHYLIP、Perllan． guageprogrammingetalwereused toanalyze217candicatefibronectin—bindingproteins．Featuresinclude31fi— bronectinb·indingproteinrepeat(FR)sequencemotifs、conserveddomaindivergence、mostfibronectin—binding proteinshavingatleasttwodifferentmotifsandSOon．FR motifsofgenusstreptococcusarenotstringentlyunified， butwithsimilarityamongmotifs． Keywords：bioinfomr atics；fibronectin—bindingprotein；genusstreptococcus 纤连蛋 白(Fibronectin，FN)是二聚体糖蛋 白，分 (fibronetin—bindingprotein，FnBP)。FnBP在细菌 子量为430—470kDa。它分为两种 ，一是以水溶性 黏附宿主、内化宿主等的过程 中起 了非常重要的作 形式存在于细胞质及其它体液中，另一种则以非水 用 J，是造成宿主感染的一种非常重要的毒力因 溶性的微纤维形式整合于细胞外基质 ]。FN主要 子。在链球菌属 中，由于有许多种或亚种如化脓性 功能是介导其底物黏附真核细胞 ，在真核细胞的黏 链球菌(Streptococcuspyogenes)、格 氏链球菌(Strep— 附、分化 、迁移等生理过程中发挥重要的