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摘要 mRNA序列、结构、畿量和蛋白质二级结构的相关性 摘要 除了编码氨基酸序列以外，mRNA序列还携带了其它的结构信息，如密码子 偏好，二级结构等。本文将从多个角度统计分析mRNA序列和蛋白质二级结构 的相关性。论文分为4个部分。 第一部分：为了更好地统计分析mRNA序列和蛋白质二级结构之间的相关 性，我们建立了一个新的完整序列——结构数据库，IADE数据库。数据库由两 部分组成，～部分为IADEl数据库，包含了氨基酸序列和对应的蛋白质二级结 域序列。 码。为了获得更好的统计效果，我们定义了结构字，即能够体现二级结构特征 的4氨基酸片段，当考虑了结构字(SWs)以后，这种倾向更加明显。统计显著 博士论文：mRNA序列、结掏、能量和蛋白质二级结构的相关性 含量和蛋白质二级结构的相关性，发现规则结构倾向于被高stem含量的mRNA 析发现和T(回折)相关的边界有特殊的结构倾向，倾向于被stem结构编码。 TCN区和低TCN区之间有一个过渡区，这个区域中没有明显的结构偏好。对于 beta折叠，则没有明显的结构偏好。同时，我们给出了TCN对蛋自质二级结构 的所有强偏好模式。统计显著性检验表明蛋白质二级结构和密码子TCN之间的 相互作用是非常显著的。基于翻译效率和翻译精度依赖于密码子使用这一思想， 我们提出了现象模型，并通过分析模型，对蛋A质二级结构偏好和TCN之间的 相关性作了初步的探讨。 mRNA折叠自由能之间的相关性，并分别对两个物种进行统计分析，以消除不 同物种可能带来的统计差异。对每一条自然序列和对应的随机序列，我们使用 自然序列和随机序列的折叠自由能的差异，通过分析Z—score值，我们发现自然 序列的折叠自由能明显低于其对应的随机序列的折叠自由能，Human和EcD疗 摘要 和无规则结构区域密码子随机选择的差异，发现处于不同蛋白质二级结构的 _o．93。在工作中，我们用3种随机方法验证了自然序列比随机序列有更低的折 的相关性，并得到了一些新的结果。 关键词： 统计相关性 博士论文：mRNA序列、结构、能量和蛋白质二级结构的相关性 作者论文目录 (2001．9——2004．7) 16s 1．罗辽复，贾孟文， rRNA的保守字和进化树的重建．内蒙古大学学报(自然科学 综合类核心， 内蒙古大学． 版)，2002，33：36—42． 2．贾盂文，李前忠． 蛋白质结构型预测的研究． 内蒙古大学学报(自然科学版)，2002 33：276—279． 综合类核心，内蒙古大学． Liaofu，Ji Searchforevolutionrelated 3．Luo Mengwen，etc． Fengmin，Jia and wordsin IEEE conservative ofthe rRNAsequences。Proceedingscomputersociety conferenceonbioinformatics 国际会议(ISTP)，内蒙古大学． fCSB03)，2003． 4．Jia Liaofu，Liu Statisticalcorrelationbetween Mengwen，Luo Ciquan． secolldary protein structure RNA structure． and