化学生物信息的波分形研究.pdf

化学生物信息的小波分形研究 专 业：分析化学 博士生：邱建丁 指导教师：莫金垣教授 摘 要 现代分析化学已被视为--f]信息科学，用化学计量学方法处理化学信号，已成为一个重 要的研究领域。人类基因组计划的实施推动了一个新兴学科——生物信息学的诞生，蛋白质 结构、功能和进化预测是生物信息学的重要研究课题，将化学计量学应用于生物信息学研究， 已成为分析化学工作者面临的一个挑战。小波和分形作为新的数学工具为化学生物信息处理 提供了新思路。本文致力于研究小波分形技术在化学生物信息处理中的应用，创立了一系列 的化学生物信息处理新技术，包括蛋白质a螺旋和连接多肽预测，跨膜螺旋区数目和位置预 测。蛋白质之间结构、功能和进化关系分析，基因突变分形特征表征以及重叠信号组分数和 各峰位置确定等几个方面，这些技术皆具有先进性、创新性和实用性。 1．首次提出了同时预测a螺旋和连接多肽的新方法一疏水小波二级结构预测法。在 作连续小波变换时，大尺度对应于疏水值序列的低频部分，连续小波变换在低频区具有较高 的频率分辨率，可用于研究蛋白质整体结构与序列之间的关系；在中尺度时，可以利用连续 小波来研究蛋白质的规则二级结构；小尺度对应于疏水值序列的高频部分，连续小波变换在 高频区具有较高的疏水值序列位置分辨率，能够较好地发现各种不同的构像，并且可以较好 地确定变化发生的位置。本文方法只需将蛋白质氨基酸序列映射为疏水值序列，在合适的尺 度下。用连续小波变换将疏水值序列转化为小波系数，利用小波系数的极小值即可对蛋白质 的口螺旋和连接多肽进行预测。从PDBsum数据库中随机抽取全u螺旋、全D折叠、“p以 及时B蛋白质各25个作为测试对象，n螺旋预测准确率为75．5％，连接多肽预测准确率为 85．2％，比文献的预测准确率70％更好。同时，本文对影响预测的因素进行了探讨。 2．首次提出了用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法——连续小波疏水预测法 和离散小波疏水预测法。以代码为lyst膜蛋白和kgtpiloce．小续连用应了述描，例为白蛋膜 波疏水预测法对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析过程；对小波尺度、疏水标度值等影响因 素进行了探讨和选择；同时对预测结果进行了全面的评价。以代码为upkb nivob_为白蛋膜 例，描述了应用离散小波疏水预测法预测跨膜螺旋区数目和位置的分析过程；并以代码为 耐6 60vin、lyst和kgtpiloce．分、较比了行进果结测预的法方测预种两这对，例为白蛋膜 析。结果表明：这两种方法各有优缺点，在预测时需要充分结合两种预测方法的优点，以便 提高预测结果的准确率。同时，本文分析了预测结果出现偏差的原因。总之，KDHm能在 跨膜螺旋区数目和位置方面提供非常有用的信息；小波变换能有效地分解和解析氨基酸序列 信号，是从膜蛋白序列中提取结构信息的有效工具。该非参数方法与经典的KD法相比，跨 膜螺旋区数目和位置更容易确定，预测结果更好；同目前国际上流行的方法相比，具有方法 简单、直观，结果相近等特点。 3．首次提出一种基于离散小波变换与延时交叉相关分析分析蛋白质之间结构、功能和 进化关系的新方法——序列小波层次相关法。该方法将离散小波变换与延时交叉相关分析 相结合，利用离散小波变换将进行比较的蛋白质的疏水值序列分解为多层次的小波系数， 即将一维的氨基酸序列分解为同时具有时．频特性的二维序列；最后利用延时交叉相关函数 对氨基酸序列不同层次的小波系数进行一一比较，根据不同层次的延时交叉相关系数的大 小进而揭示不同蛋白质之间的结构、功能和进化关系。以丝氨酸蛋白酶超家族中Trypsin种 属作为研究对象，描述了该方法在揭示不同物种的Trypsin蛋白质进化关系中的应用；以蛋 白质酪氨酸磷酸酶为例，利用该方法揭示了功能相似而序列上差别很大的蛋白质之间的内 在关系。该方法为非参数方法，具有简单、直观和可操作性强等特点，且不需事先知道蛋 白质的具体结构，仅从蛋白质的氨基酸序列出发即可比较和揭示蛋白质之间的关系，具有 很好地发展前景。 4．SARS冠状病毒的来源，以及与其它冠状病毒的系统发生关系是目前科学界研究的热 点和难点。当前．科学界研究认为SAILS可能来源于动物，因此，很有必要研究SARS病 毒与动物冠状病毒的相关性，对于保护人类和动物的生命与健康方面有