面向生物信息学可重构计算技术及研究.pdf

摘要 摘要 人类基因组测序工作完成后，对基因数据的处理和分析能力提出了更高的要求。计 算足生物信息学的基本研究方法之一，其算法的特点足数据量较大、算法比较简单、运 算类型单一，重复性较强、潜在的并行度较高。用现有的大规模并行机或超级服务器等 通用系统解决这些问题，既浪费系统的资源，使用维护也比较复杂，有些问题甚至无法 在限定的时间内完成。可重构计算就是一种行之有效的解决方案，这种解决方案不仅能 够有效地对一些最常用的算法进行加速，而且能够快速适应算法的变化。 本文的工作紧密结合面向生物信息处理的专用计算机系统这一项目的需求，分别基 于PCI．X总线和DDRSDRAM总线设计实现了两种比较通用的算法可重构加速卡，并 在算法的硬件实现方面，本文系统地讨论了两条序列相似性的比较问题，详细阐述 了编辑距离的原始算法和化简的方法以及从算法到逻辑的映射方法，根据这一方法提出 了一种简单而高效的处理器单元(PE：ProcessingElement)的设计方法，并在此基础上进 一步实现了脉动阵列的设计和完整的编辑距离算法核心处理逻辑电路设计。