高粱大规模ss标记的开发以及应用.pdfVIP

( f DissertationforMaster scale ofSSR markersand Large development its in applicationsorghum Underthe of Supervision ProfessorTao yuezhi By YuCh uanzhang of andLifeScience CollegeChemistry Normal Jinhua，321 Zhejiang University 004，Zhejiang，China 0 May，201 高梁大规模SSR标记的开发以及应用 摘要 高粱(Sorghum 次于玉米、小麦、水稻和大麦，名列第五。高粱具有抗旱、耐涝和耐盐碱等强适 应性，广泛种植于干旱与半干旱地区，与玉米、甘蔗C4类禾本科作物亲缘较近， 且基因组小，被认为是禾本科作物基因组研究的又一重要模式植物，对其深入开 展遗传学研究具有重要的应用价值。 SSR(SimpleSequenceRepeats)是建立在PCR基础上的分子标记技术，与其 他标记相比，SSR具有多态性高、重复性好和操作简便等特点。SSR标记已经广 泛的应用于遗传育种的各个领域。本实验利用已公布的高粱全基因组序列，通过 高通量设计SSR标记，并筛选出部分标记用于遗传连锁图的构建、紫色叶鞘基因 定位和高梁品种遗传多样性研究三个方面，结果如下： (1)本实验采用SSR finder软件在高粱全基因组上搜寻简单重复序列，再用 Primer 3软件设计SSR引物，共开发19057个标记。从中选取1061个标记用于品种 记呈现多态。10条染色体上标记多态率各异，各条染色体多态SSR标记有成簇分 布的现象。多态率与SSR长度成正相关，与SSR基序(motif)类型无关。在三个 品种间，两两比较的多态率不同，其中654和LTRl08间最高。 (2)基于第一部分结果，选取259个SSR标记用于高梁遗传图谱的构建。以 共将252个标记定位在11个连锁群上，总遗传距离为1514cM。每个连锁群上都出 现距离不等的间隙(gap)，并有标记成簇分布和偏分离现象。 (3)在上述构图群体基础上继续扩大群体数目用于高粱紫色叶鞘基因 bicolor (SbPLS,sorghumpurple 叶鞘为紫色。遗传分析表明该性状由单一孟德尔因子控制，紫色对白色显性。结 一步发展标记和扩大群体，将该基因初步定位在标记SB3660矛I]SB3675之间，分 别距两个标记约0．2cM和1．7cM。 (4)本研究通过表型检测结合SSR标记基因型检测进行41个高粱品种遗传 摘要 多样性分析。结果表明，各个品种间表型在株高、穗长、含糖量、穗型、籽粒颜 色以及叶鞘颜色存在差异。52对SSR弓I物