《复杂化学体系的多尺度模型——2013年诺贝尔化学奖介绍》.pdfVIP

化学通报 2013年 第 76卷 第 11期 今年 的诺 贝尔化学奖得主采取 了最好的两全其 美的方法，把经典物理和量子物理两者一起使 用。 例如，在药物如何与体 内的靶标蛋白质偶合的模拟 中，对那些与药物相互作用的靶标蛋白质中的原予进 行量子理论计算 ，而对余下的大蛋白质则采用要求较低的经典物理来计算。 今天，对于化学家们来说 ，计算机 已经像试管一样重要 。模拟 已经使得对传统实验结果的预言更加 合理 。 背景 在过去的50年间，化学与生物化学 已经有了非常迅速的发展 。这种发展被应用于整个领域的所有 部分 ，而生物化学的发展也许是最为引人注 目的一个。在过去 50年的前一半 ，蛋白质的结构测定也许 是此领域中付 出努力最多、取得进展最大的一个课题 。蛋白质结构分析的标准方法是晶体 的x一射线晶 体学或对由NMR实验得到的 自旋一自旋偶合的分析。也许 ，由于人们对决定所研究体系的结构的实验 信息掌握得还不够 ，人们在对由x一射线晶体学所得到的衍射图案或 由NMR实验所得到的 自旋．自旋偶 合数据进行分析时，对所使用的计算机程序中隐含的用来计算所考虑的结构 的能量 的计算机代码还缺 乏了解 ，而此代码是需要建立在用由经验和理论获得的势能来描述体系中的原子之 间的相互作用的基 础上的。这正是为何计算机和理论模型已经成为实验化学家的基本工具的缘 由之一。 今天的化学研究中，人们对功能的关注更甚于对结构 的关注。化学家们提 出的问题是 “它是如何 发生的?”，而并不是 “它看起来像什么?”。一般来说 ，有关功能的问题是难以用实验技术来 回答的。同 位素标记和飞秒光谱技术可以为我们提供线索 ，但是 ，对于许多以体系的复杂性为其特征的催化过程和 几乎所有的生物化学过程的机理，它们很少能提供结论性的证据。这使得理论模拟成为对实验技术补 充的一种重要工具 。化学过程是用过渡态来表征的，所述过渡态是指把产物与反应物连接起来的、具有 最低可能 (自由)能量的一种构型。这种状态在正常情况下不能 由实验来得到 ，不过 ，已经有搜索这样 的结构的理论方法 。所以，理论是实验的必须补充 。 今年被授予诺贝尔化学奖的工作关注于使用经典和量子力学理论来开发一种用于模拟大的复杂化 学体系和反应的方法。在量子化学模型中，感兴趣的粒子是 电子和原子核 ；而在经典模型中，所描述的 粒子是原子或原子 团。经典模型包含的自由度很少，所以它们在计算机上算得很快。进而，用于描述经 典粒子的物理更为简单 ，这也使计算机模拟更为迅速。今年 的诺贝尔化学奖得主们 已经发展了一种方 法 ：用第一性原理来描述体系的一部分的模型，即描述体系的中心部分的量子化学模型，并把这部分与 采用经典粒子 (原子或原子团)来模拟的周围部分连接起来。关键的成就是把模拟体系中的两个 区域 通过一个有物理意义的方式而发生相互作用，通常的做法是把整个分子体系镶嵌在一个连续的介 电介 质中。图1给出了一个典型体系的卡通示意。 历 史 回顾 上述的理论模拟取决于4个基本不同类型的发展。体系的填满了原子的中心区是用量子化学方法 来描述 的 。1998年诺贝尔化学奖得主沃尔特 ·科恩(WalterKohn)和约翰 ·波普 (JohnPople)开发出了 这些方法。量子化学依赖于量子力学 ，而量子力学的发展已经有几乎 75年的历史 ，它是 1918—1933 年间的5个不同诺贝尔物理奖 ，即，1918年普朗克 (M．Planck)，1922年玻尔 (N．Bohr)、1929年德布罗 意 (PrincedeBroglie)、1932年海森堡 (W．Heisenberg)和 1933年薛定谔与狄拉克 (E．Schr~dinger和 P． Dirac)的基础 。 用于模拟周围的分子体系的理论是由几部分组成的。首先，需要一个用来描述这些分子的分子 内 势能的模型。今天所用的模型源于 1946年 ，那年 ，根据库仑和范德华 (1910年诺贝尔物理奖得主)相互 作用 ，3个小组 各 自独立提出了这个模型。很快 ，韦斯特海默 (Westheimers)小组就成为了这个领域 的领先者。那时 ，计算机还没有出现。到了20世纪 60年代中期，阿林格 (N．Allinger)开发出了计算机 代码 ，并用这样的经典和半经验的势能 函数 ，以一组称之为 MM1、MM2等的分子力学方法 优化 了分 子结构。在这些方法中，体系的能量被最小化 ，以获得所研究体系的结构。MM方法主要是用于有机分