《24个泥蚶EST-SSR标记的开发与分析 Characterization and analysis of 24 polymorphic EST-SSR loci in Tegillarca granosa》.pdfVIP

24 个泥蚶EST-SSR 标记的开发与分析 1,2 1 1 1,2 3 1 史松富 , 姚韩韩 , 林志华 , 周小龙 , 齐晓艳 , 董迎辉 (1. , 315100; 2. , 201306; 3. , 315211) 摘要: 利用3 000 条泥蚶(Tegillarca granosa)单拷贝序列, 筛选到132 条含有 SSR 候选位点序列, 成功 设计引物50 条。群体多态性检测结果显示, 24 个SSR 位点为多态性, 各位点的等位基因介于2~5 个, 平 均等位基因数3.5 个; 观测杂合度Ho 、期望杂合度He 、多态信息含量PIC 范围分别为0.000~0.591 、 0.045~0.727 、0.043~0.696; 多态位点中有11 个高度多态、4 个中度多态、9 个低度多态; 进行哈迪-温 伯格平衡检测后, 用Bonferroni correction 法进行校正, 结果有 17 个位点显著偏离平衡。 关键词: 泥蚶(Tegillarca granosa); EST-SSR; 单拷贝序列; 遗传多样性 中图分类号: S 917.4 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2013)08-0042-05 (simple seque , , 20 ℃ ncerepeat, SSR), 2~6 DNA, 1% DNA , DNA , DNA 100 ng/μL , 1.2 候选 SSR 位点的获得与引物设计 QTL [1-3] SSR SSR Hunter1.3 (Crassostrea gigas)[4-5](Tegillarca , granosa)[6-7](Scapharca brougtonii)[8] 6433 , (Chlamys farreri)[9-10](Meretrixmeretrix)[11] 150 bpPrimer5.0 , 18~24 bp, GC 40%~60%, (Tegillarca granosa), , ( 1) 1.3 泥蚶候选SSR 位点检测与PCR 扩增 , , [12] RAPD 6 DNA , 5 , [13] AFLP PCR 20 μL, 100 ng 4 DNA, 0.2 mmol/L dNTP, 0.5U Taq , 10 PCR , [14]6