《前周期ⅥA和ⅦA氢化物分子与冠丙四肽结合作用的理论研究 A theoretical study on the interaction of crown tetraalanylpeptide with smallⅥA andⅦA nonmetal hydrides》.pdfVIP

第30 卷 第9 期 计算机与应用化学 Vol.30, No.9 2013 年9 月28 日 Computers and Applied Chemistry September 28, 2013 前周期ⅥA 和ⅦA 氢化物分子与冠丙四肽结合作用的理论研究 宋宏涛，蒋树斌，黄玮，刘许强* ( 中国工程物理研究院核物理与化学研究所，四川，绵阳，621900) 摘要：冠肽是环肽的特殊构型，其结构中的酰胺键主链呈规则排列，形成类似于冠醚的冠型构象，具有高度的对称性，易于形 成实现与离子/ 分子结合的孔径或通道，达到预期的识别作用以及作为超分子离子载体的运输能力。借助于密度泛函理论的 B3LYP 方法，以冠丙四肽为模型基础，对氧、硫、硒、氟、氯、溴等常见非金属元素的氢化物分子与其结合体系进行了几何构 型优化、能量、布局数等理论研究。结果表明：冠丙四肽的构型在与这些氢化物分子结合前后几乎没有改变；结合过程中电子 由这些氢化物分子不同程度地移向冠肽主体；在最佳结合位时，氢化物分子中心杂原子距冠丙四肽中心的距离依次为0.278 nm、 0.380 nm、0.331 nm、0.266 nm、0.376 nm 和0.334 nm；对比于与相应离子的结合过程，这些氢化物分子与冠丙四肽没有特别的 优势结合，据此可初步预测水等分子存在时，并不影响冠丙四肽对离子实施识别。 关键词：冠丙四肽；非金属氢化物；密度泛函理论；结合作用 中图分类号：O641.3 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2013)09-1028-1032 DOI: 10.11719/com.app.che 1 引言 子载体的运输能力[8] 。如果将冠肽接枝在适宜的支持体上 制成的冠肽树脂，可能应用在离子交换色谱中用于同位 环肽是一种广泛存在于自然界的生物环状分子，一 素的分离，进一步结构修饰则有望用于重金属离子或有 般可以分为两类：全部由氨基酸经肽键成环的均环肽； 毒分子的识别。冠丙四肽（Crown tetraalanylpeptide， 主链为肽键，而以酯键、醚键、二硫键、硫醚键等成环 C4-Ala ）是环丙四肽的特殊构型，在其构型中，含酰胺 的以及含有非氨基酸结构的假肽，即杂环肽[1] 。环肽同冠 键的主链呈规则排列，形成拥有C2旋转轴的高度对称结 醚、环糊精、杯芳烃等大环化合物的结构有所类似，易 构。 于形成氢键网格，此外还存在内在构象约束，其构象相 对线型肽有一定的稳定性[2] ，抗酶解能力较强，在超分子 化学以及识别小分子/离子、生物有机化学等方面是很好 的主体分子。环肽，无论是作为新的复杂多肽化合物或 者环状化合物，从何种意义上讲都可以说是极为重要的 一种，其特殊的结构以及对酶降解的稳定性使得它的应 用范围超出所有人的预料，特别是使用一些特殊的方法 Fig.1 Structures of crown ether and crown peptide. 得到某种指定结构的环肽时，人们甚至发现它在药物、 图1 冠醚与冠肽的平面结构 纳米材料、生物离子通道及超分子自组装等领域有着极 本文在密度泛函理论（Density functional theory ， 其广泛的用途[3] 。在环肽的骨架中引入构象