雷蒙德氏棉DnaJ蛋白的生物信息学预测及盐胁迫下的表达分析.pdfVIP

棉 花 学 报 CottonScience 2015，27(5)：391--400 雷蒙德 氏棉DnaJ蛋 白的生物信息学预测及盐胁迫下的表达分析 徐珍珍 ，郭琪 ，刘静 ，徐鹏 ，张香桂 ，沈新莲 (1．江苏省农业科学院经济作物研究所 ／农业部长江下游棉花和油菜重点实验室，南京210014； 2．江苏省农业科学院生物技术研究所 ／江苏省农业生物学重点实验室，南京210014) 摘要：DnaJ蛋白是一类很大的蛋白家族，是近年来研究较多的与胁迫反应等相关的蛋白。本文利用生物信息 学手段．系统研究了雷蒙德 氏棉 (Gossypiumraimondii)DnaJ蛋 白的数 目、分类、染色体定位 、亚细胞定位、进 化以及在旱地棉(Gossypiumaridum)~克劳茨基棉(G．klotzschianum)盐胁迫下的表达模式。结果显示：雷蒙 德 氏棉基因组有 119个DnaJ蛋 白，长度从 73个氨基酸到2574个氨基酸不等；在 13条染色体上不均匀分 布 ．且具有不同的亚细胞定位；DnaJ结构域大致被分为 9个小组，每个小组都有与拟南芥同源的基 因；盐胁 迫下．鉴定到旱地棉和克劳茨基棉共同差异表达的DnaJ基因3个，在旱地棉盐胁迫整个过程 中差异表达的 基因2个。雷蒙德 氏棉 DnaJ基 因家族 的鉴定和分析 ，将为进 一步研究DnaJ基 因家族 的功能奠定一定的 基础。 关键词：DnaJ蛋白；雷蒙德氏棉；旱地棉；克劳茨基棉；生物信息学；表达模式；差异表达基因 中图分类号：$562．035．3 文献标志码 ：A 文章编号：1002．7807(2015)05．0391—10 DOI：10．11963／issn．1002—7807．201505002 Genome—wideIdentificationandExpressionPate【m AnalysisoftheDnaJProteinFam_- lyinGossypium raimond#underSaltStressUsingaBioinformaticsMethod XuZhenzhen，GuoQi，LiuJing~，XuPeng，ZhangXianggui，ShenXinlian (1．InstituteofIndustrialCrops,JiangsuAcademyofAgriculturalSciences／KeyLaboratoryofCototnandRapeseed,Ministryof Agriculture,Nanjmg210014，Chbm；2．InstituteofAgro—biotechnology,JiangsuAcademyofAgriculturalSciences／KeyLabora— toryofJiangsuAgriculturalBiology,Nanfing21O014，China) Abs~raot：DnaJproteinscomprisealargefamilyandhavebeenshowntobeinvolvedinvariouss~essresponsesinrecentstudies． Inthissutdy，wesystematicallystudiedthenumber，types，chromosomedistribution，subcellularlocalizationandevolutionaryre— lationshipsofDnaJproteinsintheGossvpium raimondiiusingabioinformaticsmethod．Inparallel，westudiedtheexpression patternsofDnaJproteinsinG．aridumandG．klotzschianum undersaltstress．119DnaJfamilymemberswereidentifiedwithan unevenchromosomedistributionandvarioussubcellularlocalizations．TheaminoacidlengthsoftheDnaJproteinfamilymem— bersvariedfrom 73to2574．TheirDnaJdomainscouldbedividedintoninegroups，andtherewerehomologsofArabidopsi