中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析 I.群体结构及关联标记.pdf

维普资讯 作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2008，34(7)：1169-1178 http：／／www．chinacrops．org／zwxb／ ISSN0496—3490；CODENTSHPA9 E—mail：xbzw@chinajouma1．net．cn DoI：10．3724／SP．J．1006．2008．01169 中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析 I．群体结构及关联标记 文 自翔 赵团结 郑永战 刘顺湖 王春娥 王 芳 盖钧镒 (南京农业大学大豆研究所 ／国家大豆改良中心 ／作物遗传与种质创新国家重点实验室，江苏南京 210095) 摘 要：关联作图是一种利用连锁不平衡(1inkagedisequilibrium，LD)检测 自然群体中基因位点及其等位变异的方法。 利用60个SSR标记，对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体 (196份代表性材料)的基因组变异 进行扫描，分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构，并采用 TASSEL软件的GLM (generallinearmode1)方法对 16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明：(1)在公共网谱上不论共线性的或是非共线性的 SSR位点组合都有一定程度的LD，说 明历史上发生过连锁群问的重组：栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群 体多，但野生群体位点间连锁不平衡程度高，随距离的衰减慢。(2)群体 SSR数据遗传结构分析发现，栽培群体和野 生群体分别由9和4个亚群体组成，亚群的划分与群体地理生态类型相关联，证实地理生态类型划分有其遗传基础 。 (3)栽培群体中累计有27个位点与性状相关；野生大豆种质中累计有 34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中 都表现与同一性状关联，检出的位点有一致性，也有互补性；一些标记 同时与 2个或多个性状相关联，可能是性状相 关乃至一因多效的遗传基础；关联位点 中累计有 24位点(次)与遗传群体连锁分析定位的QTL一致 。 关键词：栽培大~[Glycinemax(L．)Merr．]；野生大~(GlycinesojaSieb．etZucc．)：SSR；群体结构；关联分析 AssociationAnalysisofAgronomicandQualityTraitswithSSRMarkers inGlycinemaxandGlycinesojainChina：I．PopulationStructureand AssociatedM arkers W EN Zi—Xiang~ZHAO Tuan—Jie，ZHENG Yong—Zhan，LIU Shun—Hu，WANG Chun—E，WANG Fang，and GAIJun-Yi fsoybearlResearchInstituteofNanjingAgriculturalUniversity／NationalCenterforSoybeanImprovement／NationalKeyLaboratoryofrCropGe— neticsnadGermplasmEnhancement，Nanjing210095，Jinagsu，China) Abstract：AssociationmappingisaprocedurefordetectingQTLsaswellastheirallelesbasedonlinkagedisequilibrium (LD)． Thegenttypingdataof60simple—sqeuencerepeat(SSR)markersonrepresentativesamplesof393landracesofGlycinemax(L．) Merr．and196wildaccessionsofGlycinesojaSieb．etZucc．wereusedinhtepresentstudy．Linkagedisequilibrium ofpairwise locinadpopulationstructurewerefirstlyna alyzedforhtetwopopulations，htenhteassociationnaalysisbetweenSSRloci