SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制.pdfVIP

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2016-02-27 发布于安徽
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SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制.pdf

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中国农业科学 2008,41(10):3336-3342 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.10.055 SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制 1 1 1 2 2 1 孙佳莹，辛大伟，单彩云，刘春燕，胡国华，陈庆山 1 2 （东北农业大学大豆研究所，哈尔滨 150030 ；黑龙江省农垦科研育种中心，哈尔滨 150090 ）摘要：【目的】研制利用生物信息学方法通过分析数量迅速增加的EST 序列开发SSR 标记的有力工具。【方法】通过对SSR标记本身的特点以及排列组合原理的分析，提出快速有效的SSR标记开发算法，并应用Visual Basic6.0 程序设计语言进行相关软件的开发。对2004年8 月2日至2005年 6月 12日之间公布在NCBI上的22 161条大豆 EST序列，进行了SSR标记的检索。【结果】通过对现存SSR标记开发软件中所存在的问题的总结与分析，编制完成SSR标记开发软件SSR MINING 1.0。经过检索共发现2 068个SSR标记，应用DNAMAN 对其中30个标记进行了引物设计，并合成进行试验验证，最终获得了14个具有多态性的SSR 标记。【结论】SSR MINING 1.0是一个高效、灵活、界面友好、使用简便的SSR标记开发软件。关键词：SSR标记；EST序列；Visual Basic 6.0；遗传图谱；大豆 Programming for SSR Marker Developing Software SSR MINING 1.0 1 1 1 2 2 1 SUN Jia-ying , XIN Da-wei , SHAN Cai-yun , LIU Chun-yan , HU Guo-hua , CHEN Qing-shan 1 2 ( Northeast Agricultural University, Soybean Institute, Harbin 150030; Land Reclamation Research Breeding Centre of Heilongjiang, Harbin 150090) Abstract: 【Objective 】As the number of EST sequences increasing, which supplies a valuable resource for the development of SSR markers, and bioinformatics has become a powerful tool for mining SSR. 【Method 】 By analysis of the characteristic of SSR marker itself and permutation and combination theory of SSR as well, an efficient arithmetic was put forward. The relative software also was programmed by Visual Basic 6.0. 22 161 soybean EST sequences published between August of 2004 and Jun